More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4323 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.18 
 
 
639 aa  1006    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
639 aa  1325    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.52 
 
 
639 aa  1240    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.77 
 
 
640 aa  1006    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  89.83 
 
 
639 aa  1192    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  89.83 
 
 
639 aa  1193    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.55 
 
 
639 aa  1210    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.24 
 
 
640 aa  985    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  76.37 
 
 
640 aa  1053    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.14 
 
 
639 aa  1197    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.21 
 
 
639 aa  1237    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  49.61 
 
 
640 aa  639    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  74.92 
 
 
639 aa  1036    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.12 
 
 
640 aa  1019    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.21 
 
 
639 aa  1237    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  89.98 
 
 
639 aa  1194    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.12 
 
 
640 aa  1042    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  31.34 
 
 
636 aa  359  8e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.24 
 
 
641 aa  357  5e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  31.51 
 
 
640 aa  345  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  31.54 
 
 
627 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.3 
 
 
649 aa  296  7e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.95 
 
 
642 aa  254  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.3 
 
 
645 aa  238  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.4 
 
 
663 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.55 
 
 
654 aa  220  7e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 
648 aa  210  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
637 aa  206  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 
650 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.03 
 
 
645 aa  197  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.26 
 
 
648 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  27.31 
 
 
650 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  28.46 
 
 
649 aa  193  9e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.95 
 
 
649 aa  192  2e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  26.7 
 
 
650 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.63 
 
 
696 aa  190  8e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
648 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  28.11 
 
 
648 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.44 
 
 
639 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.36 
 
 
639 aa  185  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
648 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
637 aa  183  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
637 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.85 
 
 
650 aa  182  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.35 
 
 
650 aa  177  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.2 
 
 
663 aa  167  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
632 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.71 
 
 
635 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 
638 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.9 
 
 
640 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.74 
 
 
632 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
731 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.91 
 
 
631 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
777 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.06 
 
 
638 aa  131  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.23 
 
 
738 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.53 
 
 
646 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 
634 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
634 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  25.3 
 
 
798 aa  124  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 
634 aa  124  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.81 
 
 
644 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
634 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.66 
 
 
734 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.82 
 
 
632 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.66 
 
 
634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.22 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.71 
 
 
634 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.04 
 
 
942 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 
769 aa  120  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.38 
 
 
678 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.35 
 
 
808 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
732 aa  117  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.76 
 
 
714 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
891 aa  115  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.01 
 
 
718 aa  114  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  23.84 
 
 
1006 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  24.88 
 
 
919 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.21 
 
 
642 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.48 
 
 
1158 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.54 
 
 
944 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  25.37 
 
 
589 aa  112  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.94 
 
 
816 aa  112  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.64 
 
 
730 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.3 
 
 
1092 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 
877 aa  111  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.04 
 
 
1118 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.74 
 
 
673 aa  110  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.67 
 
 
1010 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00583  cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.6 
 
 
848 aa  110  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  23.4 
 
 
848 aa  110  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.18 
 
 
1018 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.65 
 
 
1002 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.48 
 
 
730 aa  110  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.24 
 
 
663 aa  110  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.54 
 
 
673 aa  110  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>