More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2555 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.8 
 
 
632 aa  853    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  54.67 
 
 
634 aa  702    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.96 
 
 
634 aa  665    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.23 
 
 
634 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
634 aa  1315    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  52.23 
 
 
634 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.7 
 
 
634 aa  673    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.3 
 
 
634 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.2 
 
 
634 aa  705    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.42 
 
 
634 aa  700    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.04 
 
 
632 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.28 
 
 
642 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.79 
 
 
634 aa  664    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.1 
 
 
634 aa  703    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  47.7 
 
 
646 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.02 
 
 
638 aa  595  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  44.9 
 
 
631 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  35.4 
 
 
634 aa  339  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
623 aa  281  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
663 aa  204  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
645 aa  179  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.94 
 
 
644 aa  177  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.34 
 
 
806 aa  163  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.99 
 
 
637 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.56 
 
 
663 aa  159  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.87 
 
 
811 aa  158  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.97 
 
 
648 aa  154  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.71 
 
 
648 aa  154  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.97 
 
 
635 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 
648 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  23.49 
 
 
648 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  23.74 
 
 
734 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  21.87 
 
 
650 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.88 
 
 
650 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.04 
 
 
648 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 
642 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 
649 aa  145  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
637 aa  144  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  25.18 
 
 
755 aa  144  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.01 
 
 
820 aa  143  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 
807 aa  142  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.59 
 
 
1021 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.45 
 
 
805 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 
783 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
928 aa  141  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.93 
 
 
803 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.95 
 
 
808 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.76 
 
 
731 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  22.71 
 
 
568 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  24.6 
 
 
657 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.5 
 
 
918 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  26.16 
 
 
636 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.31 
 
 
769 aa  139  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.37 
 
 
792 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.33 
 
 
698 aa  137  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
637 aa  137  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  25.86 
 
 
1105 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  25.93 
 
 
637 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  22.74 
 
 
818 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  26.08 
 
 
1120 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  23.15 
 
 
823 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 
960 aa  135  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
820 aa  135  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  23.93 
 
 
591 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  22.92 
 
 
571 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.77 
 
 
958 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  25.45 
 
 
636 aa  134  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  24.15 
 
 
631 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.08 
 
 
640 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  23.92 
 
 
635 aa  133  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.5 
 
 
645 aa  133  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  23.08 
 
 
1121 aa  133  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
1072 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439713  normal  0.242332 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 
975 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 
735 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.13 
 
 
715 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  23.6 
 
 
636 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  23.02 
 
 
728 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  22.89 
 
 
768 aa  131  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.66 
 
 
859 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.13 
 
 
715 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 
753 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3919  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.66 
 
 
859 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  24.02 
 
 
800 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  23.57 
 
 
1129 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  24.02 
 
 
800 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.02 
 
 
872 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.02 
 
 
872 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.02 
 
 
872 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3252  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.02 
 
 
872 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  23.37 
 
 
636 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  24.62 
 
 
634 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.02 
 
 
872 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  23.37 
 
 
636 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.32 
 
 
968 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
638 aa  130  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
638 aa  130  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  23.58 
 
 
637 aa  130  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  20.97 
 
 
646 aa  130  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.66 
 
 
859 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>