More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0208 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
645 aa  1339    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
642 aa  340  4e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.75 
 
 
649 aa  337  3.9999999999999995e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 
648 aa  332  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.29 
 
 
663 aa  327  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.69 
 
 
639 aa  311  2e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.37 
 
 
639 aa  310  5.9999999999999995e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.05 
 
 
650 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
650 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.58 
 
 
650 aa  299  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 
648 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  29.47 
 
 
650 aa  291  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.44 
 
 
648 aa  290  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  29.2 
 
 
648 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.2 
 
 
648 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  29.43 
 
 
650 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.55 
 
 
654 aa  281  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.59 
 
 
645 aa  277  4e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
640 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.32 
 
 
639 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.32 
 
 
639 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  29 
 
 
649 aa  272  2e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.41 
 
 
639 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.98 
 
 
640 aa  270  8e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.34 
 
 
639 aa  269  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.36 
 
 
639 aa  265  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.76 
 
 
639 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.76 
 
 
639 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.76 
 
 
639 aa  263  8e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  27.06 
 
 
640 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.23 
 
 
640 aa  262  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.6 
 
 
639 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.88 
 
 
639 aa  261  4e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 
637 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  26.93 
 
 
641 aa  260  5.0000000000000005e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.15 
 
 
637 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  28.57 
 
 
649 aa  258  3e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  28.28 
 
 
636 aa  257  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.54 
 
 
640 aa  254  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
639 aa  248  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.32 
 
 
696 aa  247  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.2 
 
 
637 aa  241  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.65 
 
 
640 aa  241  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  27.13 
 
 
627 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
663 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  26.73 
 
 
640 aa  226  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.15 
 
 
638 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.88 
 
 
635 aa  213  9e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 
632 aa  201  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.52 
 
 
820 aa  166  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.57 
 
 
640 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.2 
 
 
644 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.23 
 
 
673 aa  162  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3416  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.96 
 
 
857 aa  161  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.575595  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.2 
 
 
817 aa  160  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.98 
 
 
951 aa  158  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.94 
 
 
1016 aa  157  4e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.06 
 
 
596 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.95 
 
 
806 aa  157  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 
859 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425385 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3919  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.95 
 
 
859 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.9 
 
 
823 aa  156  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.36 
 
 
666 aa  156  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0440  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.24 
 
 
856 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.24 
 
 
856 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 
859 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0437  sensory box protein  25.77 
 
 
856 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.24 
 
 
856 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.06 
 
 
811 aa  155  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  27.61 
 
 
806 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.73 
 
 
870 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.02 
 
 
958 aa  154  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  26 
 
 
1278 aa  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  26.87 
 
 
685 aa  153  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0388  putative diguanylate phosphodiesterase  25.94 
 
 
837 aa  153  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.15 
 
 
808 aa  153  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0441  sensory box protein  25.77 
 
 
870 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  25.58 
 
 
1278 aa  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.43 
 
 
659 aa  150  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.56 
 
 
632 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.06 
 
 
1276 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  26.64 
 
 
818 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  25.9 
 
 
571 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.48 
 
 
859 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  26.06 
 
 
1415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.51 
 
 
1276 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.51 
 
 
1276 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  26.06 
 
 
1410 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.46 
 
 
783 aa  148  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.12 
 
 
1282 aa  148  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00193  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  25.94 
 
 
945 aa  148  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  27.21 
 
 
845 aa  148  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 
591 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  27.51 
 
 
1276 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.15 
 
 
879 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
634 aa  147  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  25.29 
 
 
800 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  25.29 
 
 
800 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.29 
 
 
872 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.29 
 
 
872 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>