More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0160 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  66.19 
 
 
640 aa  925    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  66.29 
 
 
627 aa  909    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  56.6 
 
 
641 aa  767    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  100 
 
 
636 aa  1314    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 
639 aa  355  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
639 aa  354  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  31.29 
 
 
639 aa  352  1e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 
640 aa  350  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.19 
 
 
639 aa  349  9e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.19 
 
 
639 aa  349  9e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.35 
 
 
639 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.35 
 
 
639 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.35 
 
 
639 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.35 
 
 
639 aa  343  5e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  29.98 
 
 
640 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.64 
 
 
640 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 
639 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.05 
 
 
640 aa  335  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.73 
 
 
640 aa  332  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
639 aa  326  7e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
649 aa  317  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.26 
 
 
640 aa  306  7e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.81 
 
 
645 aa  226  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 
648 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 
663 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 
637 aa  216  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 
645 aa  211  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.23 
 
 
650 aa  201  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 
648 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 
648 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.43 
 
 
648 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
648 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
642 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.24 
 
 
639 aa  183  7e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.38 
 
 
649 aa  183  9.000000000000001e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.03 
 
 
650 aa  180  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 
637 aa  180  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  23.91 
 
 
650 aa  180  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.76 
 
 
639 aa  179  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.02 
 
 
650 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.57 
 
 
650 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 
637 aa  171  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.38 
 
 
654 aa  170  7e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.54 
 
 
649 aa  169  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
663 aa  163  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.86 
 
 
696 aa  160  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.31 
 
 
635 aa  153  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
632 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 
638 aa  134  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
646 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.81 
 
 
632 aa  130  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23 
 
 
638 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.37 
 
 
642 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.7 
 
 
714 aa  124  5e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
634 aa  124  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.94 
 
 
730 aa  123  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000107704 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.27 
 
 
1209 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.15 
 
 
1002 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
634 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.71 
 
 
634 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.03 
 
 
1209 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.13 
 
 
623 aa  118  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.14 
 
 
640 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.8 
 
 
632 aa  115  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.82 
 
 
790 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.03 
 
 
1228 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.3 
 
 
631 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
634 aa  113  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 
715 aa  113  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  24.7 
 
 
589 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.79 
 
 
634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  24.11 
 
 
1510 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 
979 aa  112  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.59 
 
 
608 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.82 
 
 
1278 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  25.06 
 
 
1278 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.97 
 
 
1215 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.97 
 
 
1215 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.97 
 
 
1215 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.56 
 
 
634 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
577 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  22.33 
 
 
634 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 
539 aa  110  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.33 
 
 
634 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  23.72 
 
 
568 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
731 aa  109  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.45 
 
 
920 aa  108  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1569  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.52 
 
 
839 aa  108  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1217  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  22.29 
 
 
784 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 
892 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  23.77 
 
 
689 aa  107  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.59 
 
 
577 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 
577 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 
577 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.29 
 
 
829 aa  107  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.34 
 
 
834 aa  107  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.16 
 
 
634 aa  107  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.59 
 
 
777 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.82 
 
 
732 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>