More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4145 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  51.32 
 
 		 640 aa  647    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.9 
 
 		 639 aa  1028    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  75.12 
 
 		 639 aa  1016    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.37 
 
 		 639 aa  1034    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  75.9 
 
 		 639 aa  1027    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.59 
 
 		 640 aa  1101    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  74.92 
 
 		 639 aa  1044    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.74 
 
 		 639 aa  1016    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.74 
 
 		 639 aa  1026    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  86.72 
 
 		 640 aa  1152    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  70.89 
 
 		 640 aa  998    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.74 
 
 		 639 aa  1026    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 640 aa  1325    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.06 
 
 		 639 aa  1020    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.06 
 
 		 639 aa  1020    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.58 
 
 		 640 aa  1001    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  84.66 
 
 		 639 aa  1131    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.23 
 
 		 641 aa  358  1.9999999999999998e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  32.55 
 
 		 640 aa  351  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  32.32 
 
 		 627 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  30.05 
 
 		 636 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 		 649 aa  305  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 		 642 aa  239  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.64 
 
 		 645 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 663 aa  230  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 654 aa  211  2e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.03 
 
 		 637 aa  203  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.67 
 
 		 648 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.53 
 
 		 645 aa  197  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  26.03 
 
 		 639 aa  197  7e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 		 650 aa  194  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  28.53 
 
 		 649 aa  193  7e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.71 
 
 		 639 aa  193  8e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 		 637 aa  193  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  27.62 
 
 		 649 aa  192  2e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 637 aa  183  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.18 
 
 		 648 aa  183  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 		 648 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.37 
 
 		 648 aa  180  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.08 
 
 		 632 aa  178  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.83 
 
 		 648 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  23.96 
 
 		 650 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.27 
 
 		 650 aa  169  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.91 
 
 		 696 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.43 
 
 		 650 aa  158  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 638 aa  158  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.7 
 
 		 650 aa  156  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.2 
 
 		 663 aa  153  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.87 
 
 		 635 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.52 
 
 		 632 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.96 
 
 		 738 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.29 
 
 		 703 aa  123  9e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.83 
 
 		 644 aa  120  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.01 
 
 		 640 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 		 663 aa  117  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 		 942 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.53 
 
 		 731 aa  114  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 		 777 aa  114  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.04 
 
 		 816 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  23.56 
 
 		 589 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.5 
 
 		 734 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.94 
 
 		 682 aa  110  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.52 
 
 		 634 aa  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.31 
 
 		 786 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.71 
 
 		 1118 aa  109  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.7 
 
 		 769 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.63 
 
 		 646 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.86 
 
 		 732 aa  109  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  21.99 
 
 		 1006 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00583  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.63 
 
 		 848 aa  108  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000489  sensory box/GGDEF family protein  24.16 
 
 		 763 aa  108  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.73 
 
 		 727 aa  108  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.26 
 
 		 638 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.38 
 
 		 646 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.43 
 
 		 634 aa  107  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 		 634 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.91 
 
 		 632 aa  107  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.55 
 
 		 631 aa  107  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 		 634 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.39 
 
 		 634 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.38 
 
 		 650 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.64 
 
 		 634 aa  107  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.9 
 
 		 730 aa  107  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.94 
 
 		 714 aa  107  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.49 
 
 		 645 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.66 
 
 		 1010 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 883 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 		 634 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.38 
 
 		 646 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.74 
 
 		 979 aa  106  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 		 891 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.69 
 
 		 822 aa  106  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 		 634 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.54 
 
 		 816 aa  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.87 
 
 		 714 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  23.41 
 
 		 798 aa  105  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.11 
 
 		 1413 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 975 aa  105  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.7 
 
 		 678 aa  105  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  22.6 
 
 		 848 aa  105  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>