More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1371 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
696 aa  1441    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.04 
 
 
663 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 
645 aa  298  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.61 
 
 
642 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.17 
 
 
645 aa  226  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  28.42 
 
 
639 aa  220  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  28.87 
 
 
639 aa  219  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 
649 aa  217  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
648 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.12 
 
 
648 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.53 
 
 
641 aa  194  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
637 aa  194  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  27.89 
 
 
648 aa  194  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
648 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  27.33 
 
 
650 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.66 
 
 
648 aa  190  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.17 
 
 
663 aa  188  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  28.17 
 
 
650 aa  187  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 
639 aa  187  6e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
639 aa  187  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.28 
 
 
639 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.28 
 
 
639 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.28 
 
 
639 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 
637 aa  185  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.63 
 
 
639 aa  184  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
640 aa  184  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 
637 aa  184  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.63 
 
 
650 aa  183  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.23 
 
 
640 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.59 
 
 
650 aa  180  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 
639 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 
639 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.39 
 
 
650 aa  178  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
639 aa  177  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  23.78 
 
 
640 aa  177  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  30.49 
 
 
649 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.15 
 
 
639 aa  173  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  30.91 
 
 
649 aa  172  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 
639 aa  172  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 
640 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.82 
 
 
654 aa  169  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.4 
 
 
627 aa  169  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.95 
 
 
635 aa  168  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 
640 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.91 
 
 
640 aa  160  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  23.76 
 
 
636 aa  158  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.11 
 
 
703 aa  155  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  24.53 
 
 
640 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 
632 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
634 aa  147  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  27.39 
 
 
634 aa  145  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.24 
 
 
634 aa  144  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
634 aa  145  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.9 
 
 
632 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
634 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  27.88 
 
 
634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
634 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
634 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  24.81 
 
 
631 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.98 
 
 
632 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  27.46 
 
 
646 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.91 
 
 
698 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
640 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
642 aa  129  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
638 aa  129  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.79 
 
 
638 aa  125  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.61 
 
 
634 aa  118  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.6 
 
 
1012 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.23 
 
 
742 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.39 
 
 
623 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
634 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.73 
 
 
1485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165291 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.72 
 
 
644 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 
742 aa  112  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4463  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
915 aa  112  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.206717  decreased coverage  0.00926003 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  24.18 
 
 
1006 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.71 
 
 
1413 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.77 
 
 
951 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.1 
 
 
918 aa  109  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.15 
 
 
738 aa  108  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2248  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 
664 aa  108  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 
792 aa  107  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.11 
 
 
803 aa  107  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
818 aa  107  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.51 
 
 
1497 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.84 
 
 
769 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.95 
 
 
808 aa  107  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.33 
 
 
857 aa  106  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.02 
 
 
820 aa  107  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  25.67 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  25.67 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  25.67 
 
 
567 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  22.33 
 
 
1120 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.18 
 
 
805 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  25.17 
 
 
1491 aa  105  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.59 
 
 
806 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  25.67 
 
 
567 aa  105  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  25.67 
 
 
567 aa  105  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>