More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0307 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.61 
 
 		 639 aa  982    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  72.77 
 
 		 639 aa  984    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 640 aa  1332    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.44 
 
 		 639 aa  1080    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.14 
 
 		 639 aa  975    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  70.58 
 
 		 640 aa  994    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.59 
 
 		 640 aa  1078    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.61 
 
 		 639 aa  981    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.81 
 
 		 640 aa  1069    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.46 
 
 		 639 aa  978    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.99 
 
 		 639 aa  979    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  72.3 
 
 		 639 aa  977    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.61 
 
 		 639 aa  981    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.69 
 
 		 640 aa  974    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  49.77 
 
 		 640 aa  639    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  76.65 
 
 		 639 aa  1043    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.3 
 
 		 639 aa  977    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  31.39 
 
 		 641 aa  357  5e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  30.88 
 
 		 640 aa  345  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  31.09 
 
 		 627 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  334  3e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.48 
 
 		 649 aa  291  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 		 642 aa  249  8e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.93 
 
 		 645 aa  242  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 		 663 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  27.26 
 
 		 654 aa  208  2e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 		 637 aa  204  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 		 637 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.65 
 
 		 650 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.96 
 
 		 648 aa  194  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.91 
 
 		 645 aa  194  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.51 
 
 		 637 aa  193  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.56 
 
 		 639 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.35 
 
 		 650 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.56 
 
 		 639 aa  186  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.62 
 
 		 650 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 		 648 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.06 
 
 		 648 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 		 648 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.47 
 
 		 649 aa  180  5.999999999999999e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.11 
 
 		 649 aa  180  7e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 		 648 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.35 
 
 		 650 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 		 696 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 		 632 aa  167  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.28 
 
 		 650 aa  167  8e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.56 
 
 		 663 aa  162  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.89 
 
 		 635 aa  156  9e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.02 
 
 		 638 aa  148  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 		 632 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.71 
 
 		 634 aa  124  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.27 
 
 		 634 aa  124  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.31 
 
 		 777 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.24 
 
 		 632 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.82 
 
 		 640 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.2 
 
 		 644 aa  120  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 		 634 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.81 
 
 		 634 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  22.65 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.77 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.65 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.11 
 
 		 634 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.02 
 
 		 638 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.1 
 
 		 738 aa  114  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.17 
 
 		 634 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 		 634 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  21.86 
 
 		 634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0462  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.78 
 
 		 690 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24 
 
 		 1413 aa  111  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.22 
 
 		 682 aa  110  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.89 
 
 		 1092 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.36 
 
 		 1254 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.73 
 
 		 942 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  21.52 
 
 		 646 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.79 
 
 		 816 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.34 
 
 		 904 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 		 877 aa  107  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  24.55 
 
 		 1136 aa  107  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.09 
 
 		 734 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.86 
 
 		 772 aa  106  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  22.74 
 
 		 848 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.79 
 
 		 769 aa  106  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 		 891 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 		 818 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.86 
 
 		 753 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.54 
 
 		 643 aa  106  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.69 
 
 		 714 aa  105  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.94 
 
 		 673 aa  105  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.81 
 
 		 1098 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.36 
 
 		 1066 aa  105  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 		 883 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.76 
 
 		 1016 aa  104  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  21.07 
 
 		 634 aa  104  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  21.83 
 
 		 631 aa  104  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  21.64 
 
 		 589 aa  104  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 		 664 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.98 
 
 		 975 aa  103  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0947  diguanylate cyclase  23.66 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.903588  normal  0.0137275 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  22.84 
 
 		 755 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>