More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCC13826_0890 on replicon NC_009802
Organism: Campylobacter concisus 13826



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  73.5 
 
 
649 aa  954    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  100 
 
 
649 aa  1311    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
654 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.45 
 
 
649 aa  272  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.9 
 
 
645 aa  246  9.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  26.53 
 
 
639 aa  232  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  26.11 
 
 
639 aa  228  3e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.85 
 
 
650 aa  212  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.5 
 
 
637 aa  211  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.92 
 
 
650 aa  210  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 
637 aa  210  7e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.63 
 
 
663 aa  209  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 
648 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.83 
 
 
650 aa  206  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
642 aa  203  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.51 
 
 
637 aa  198  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  26.16 
 
 
650 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.12 
 
 
640 aa  196  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
639 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
639 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.57 
 
 
635 aa  191  4e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.34 
 
 
639 aa  190  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.58 
 
 
640 aa  189  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.37 
 
 
639 aa  189  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.12 
 
 
650 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  25.95 
 
 
639 aa  188  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 
640 aa  188  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.62 
 
 
640 aa  187  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 
648 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
639 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.51 
 
 
639 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 
648 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.16 
 
 
648 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 
640 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.03 
 
 
639 aa  180  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.16 
 
 
648 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.03 
 
 
639 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
639 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 
639 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 
638 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.91 
 
 
696 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  24.92 
 
 
640 aa  171  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.16 
 
 
645 aa  169  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  22.72 
 
 
640 aa  164  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.42 
 
 
636 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.92 
 
 
641 aa  160  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  22.35 
 
 
627 aa  153  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 
663 aa  151  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.24 
 
 
632 aa  148  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.12 
 
 
703 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.62 
 
 
640 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.35 
 
 
818 aa  101  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  24.67 
 
 
823 aa  97.4  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.8 
 
 
952 aa  94.7  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 
632 aa  92.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.21 
 
 
1059 aa  89.7  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 
821 aa  87.4  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.4 
 
 
742 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.22 
 
 
815 aa  82  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.44 
 
 
1499 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.4 
 
 
634 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.83 
 
 
736 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  23.25 
 
 
568 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.35 
 
 
862 aa  80.1  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.36 
 
 
811 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.72 
 
 
742 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 
591 aa  79.3  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.03 
 
 
810 aa  78.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.17 
 
 
829 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  22.82 
 
 
571 aa  78.2  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.54 
 
 
682 aa  78.2  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  23.52 
 
 
717 aa  77.8  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.77 
 
 
777 aa  77.4  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.2 
 
 
800 aa  77  0.0000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  23.03 
 
 
567 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.54 
 
 
818 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  23.16 
 
 
567 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  23.16 
 
 
567 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  23.16 
 
 
567 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  23.35 
 
 
908 aa  75.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.37 
 
 
777 aa  76.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.9 
 
 
665 aa  75.9  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  23.16 
 
 
567 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.19 
 
 
567 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.87 
 
 
1034 aa  76.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  20.99 
 
 
1036 aa  76.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.76 
 
 
818 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  23.16 
 
 
567 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  23.62 
 
 
973 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.84 
 
 
763 aa  75.1  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.4 
 
 
928 aa  75.5  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.57 
 
 
958 aa  75.1  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.66 
 
 
994 aa  75.5  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.27 
 
 
958 aa  75.1  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  23.84 
 
 
1274 aa  75.1  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  23.71 
 
 
1120 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.63 
 
 
728 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.76 
 
 
632 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  22.41 
 
 
818 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.32 
 
 
1254 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>