More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3896 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  60 
 
 
648 aa  711    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.65 
 
 
650 aa  730    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.23 
 
 
648 aa  713    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.2 
 
 
650 aa  864    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60 
 
 
648 aa  711    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.05 
 
 
648 aa  776    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.43 
 
 
650 aa  723    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60 
 
 
648 aa  714    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  91.22 
 
 
650 aa  1126    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  100 
 
 
650 aa  1289    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.47 
 
 
637 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 
637 aa  356  8.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
637 aa  340  5e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  31.1 
 
 
639 aa  292  1e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.95 
 
 
639 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.24 
 
 
642 aa  289  9e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 
703 aa  282  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.73 
 
 
638 aa  278  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
663 aa  276  9e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.18 
 
 
635 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.03 
 
 
645 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.79 
 
 
649 aa  256  9e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.88 
 
 
645 aa  253  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
632 aa  236  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.82 
 
 
640 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.69 
 
 
641 aa  216  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
663 aa  213  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.16 
 
 
649 aa  210  5e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  25.74 
 
 
640 aa  210  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.03 
 
 
696 aa  207  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  24.76 
 
 
627 aa  203  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  24.92 
 
 
654 aa  200  9e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.35 
 
 
640 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.97 
 
 
649 aa  197  4.0000000000000005e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.54 
 
 
640 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 
639 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.54 
 
 
639 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  26.38 
 
 
639 aa  187  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  24.02 
 
 
636 aa  184  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
640 aa  182  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.05 
 
 
639 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.08 
 
 
639 aa  181  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 
640 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  24.85 
 
 
639 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 
639 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 
639 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
639 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 
640 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 
639 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.22 
 
 
639 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.67 
 
 
640 aa  164  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 
803 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.23 
 
 
1076 aa  158  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.98 
 
 
979 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
994 aa  145  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.35 
 
 
859 aa  145  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.18 
 
 
851 aa  144  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.75 
 
 
1072 aa  143  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 
644 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
783 aa  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.91 
 
 
673 aa  141  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.86 
 
 
942 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  24.89 
 
 
669 aa  140  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.95 
 
 
820 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.22 
 
 
469 aa  139  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 
623 aa  139  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.53 
 
 
975 aa  138  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  26.13 
 
 
661 aa  138  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  27.97 
 
 
571 aa  137  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.42 
 
 
738 aa  136  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.65 
 
 
811 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  27.77 
 
 
656 aa  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.28 
 
 
634 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.84 
 
 
817 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.09 
 
 
815 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.36 
 
 
820 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  23.6 
 
 
676 aa  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
718 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  30.54 
 
 
819 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  26.07 
 
 
637 aa  131  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 
577 aa  130  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  26.07 
 
 
638 aa  130  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
1120 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.79 
 
 
944 aa  130  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.09 
 
 
761 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.97 
 
 
808 aa  130  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  26.07 
 
 
638 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
673 aa  129  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  28.38 
 
 
568 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00058  C-di-GMP phosphodiesterase A  27.13 
 
 
747 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0145768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  28.94 
 
 
734 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.91 
 
 
722 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 
642 aa  128  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.81 
 
 
951 aa  128  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  28.4 
 
 
969 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
658 aa  127  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  27.04 
 
 
643 aa  127  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  26.22 
 
 
685 aa  127  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.85 
 
 
580 aa  127  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>