More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03702 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  63.38 
 
 
673 aa  880    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  51.27 
 
 
661 aa  703    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  100 
 
 
676 aa  1416    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  89.82 
 
 
669 aa  1265    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 
638 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  34.06 
 
 
638 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 
637 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  33.33 
 
 
643 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  32.83 
 
 
648 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  32.24 
 
 
640 aa  365  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 
645 aa  355  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  31.25 
 
 
646 aa  351  2e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
646 aa  347  5e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  31.66 
 
 
645 aa  347  6e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
646 aa  346  8.999999999999999e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
646 aa  345  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  32.14 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  31.98 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  32.14 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
646 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 
646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 
646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 
646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 
646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 
646 aa  328  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  30.08 
 
 
631 aa  300  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  30.31 
 
 
636 aa  300  6e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  30.31 
 
 
636 aa  299  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  29.06 
 
 
635 aa  297  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  30.84 
 
 
636 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.2 
 
 
636 aa  290  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  28.91 
 
 
634 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 
647 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  29.45 
 
 
647 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 
647 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  30.34 
 
 
637 aa  283  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 
647 aa  283  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  27.83 
 
 
657 aa  280  7e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  29.28 
 
 
636 aa  278  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  29 
 
 
636 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  28.68 
 
 
635 aa  261  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.18 
 
 
642 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.8 
 
 
634 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 
648 aa  134  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.57 
 
 
634 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.49 
 
 
634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
634 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.18 
 
 
634 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 
650 aa  126  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.57 
 
 
634 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  23.6 
 
 
650 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 
637 aa  124  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 
634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 
703 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.15 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.15 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.97 
 
 
648 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.27 
 
 
646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.18 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.22 
 
 
650 aa  122  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  21.69 
 
 
650 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.88 
 
 
632 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  24.72 
 
 
650 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  23.97 
 
 
648 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.74 
 
 
648 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.29 
 
 
648 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 
637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 
644 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  22.94 
 
 
634 aa  111  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.44 
 
 
730 aa  111  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.45 
 
 
637 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.53 
 
 
803 aa  107  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0378  sensory box protein  23.98 
 
 
1491 aa  107  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0214422 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.2 
 
 
638 aa  106  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.53 
 
 
1076 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.8 
 
 
634 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.67 
 
 
663 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.08 
 
 
1072 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.86 
 
 
642 aa  104  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
942 aa  104  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.88 
 
 
900 aa  103  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.0846587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.99 
 
 
1485 aa  103  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165291 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.28 
 
 
645 aa  103  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.6 
 
 
631 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.18 
 
 
1016 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.37 
 
 
623 aa  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.91 
 
 
632 aa  101  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.92 
 
 
1487 aa  101  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1884  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.41 
 
 
900 aa  101  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.996671  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.72 
 
 
769 aa  100  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.57 
 
 
1481 aa  98.2  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.44 
 
 
645 aa  98.2  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.67 
 
 
1484 aa  96.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  22.27 
 
 
639 aa  96.3  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.54 
 
 
704 aa  95.9  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  22.89 
 
 
639 aa  95.5  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0254  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
557 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.37 
 
 
583 aa  94.4  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>