More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4422 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  71.65 
 
 		 636 aa  889    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  61.49 
 
 		 631 aa  786    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  64.49 
 
 		 635 aa  817    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  61.48 
 
 		 636 aa  776    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  61.92 
 
 		 647 aa  784    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  61.46 
 
 		 647 aa  782    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  61.46 
 
 		 647 aa  781    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 637 aa  1305    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  53.6 
 
 		 657 aa  700    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  61.3 
 
 		 635 aa  805    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  63.46 
 
 		 634 aa  791    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  61.48 
 
 		 636 aa  774    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  61.64 
 
 		 636 aa  781    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  61.92 
 
 		 647 aa  785    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 636 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  80.85 
 
 		 636 aa  1045    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.44 
 
 		 661 aa  310  4e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  30.17 
 
 		 669 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  30.19 
 
 		 638 aa  296  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  30.19 
 
 		 638 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  29.62 
 
 		 676 aa  295  2e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  30.35 
 
 		 637 aa  294  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  31.03 
 
 		 648 aa  294  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  31.97 
 
 		 640 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  28.53 
 
 		 673 aa  287  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 643 aa  279  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 646 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 646 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 646 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 646 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  30.75 
 
 		 646 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  28.98 
 
 		 646 aa  264  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  28.66 
 
 		 646 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.66 
 
 		 646 aa  261  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  28.66 
 
 		 646 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.66 
 
 		 646 aa  260  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  28.66 
 
 		 646 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  28.66 
 
 		 646 aa  260  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  28.66 
 
 		 646 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  28.66 
 
 		 646 aa  260  6e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  29.42 
 
 		 646 aa  258  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  28.8 
 
 		 645 aa  253  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  29.07 
 
 		 645 aa  252  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.93 
 
 		 634 aa  144  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 		 634 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 		 634 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.28 
 
 		 642 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 		 634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 		 663 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.94 
 
 		 646 aa  134  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.65 
 
 		 648 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.17 
 
 		 634 aa  133  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.24 
 
 		 637 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.65 
 
 		 648 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.51 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.94 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 634 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 		 648 aa  132  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.67 
 
 		 632 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 		 634 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.18 
 
 		 648 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 		 642 aa  127  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.27 
 
 		 632 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 		 634 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 648 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.97 
 
 		 623 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 		 638 aa  120  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 731 aa  120  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  25.29 
 
 		 685 aa  120  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 783 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.47 
 
 		 650 aa  118  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  24.43 
 
 		 631 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 		 803 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 		 649 aa  113  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.75 
 
 		 1016 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.11 
 
 		 645 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.74 
 
 		 958 aa  112  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.88 
 
 		 567 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.32 
 
 		 763 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  22.81 
 
 		 639 aa  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.01 
 
 		 639 aa  110  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.31 
 
 		 1030 aa  110  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 815 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.95 
 
 		 673 aa  109  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.04 
 
 		 1072 aa  109  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 		 817 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.37 
 
 		 644 aa  109  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  7e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  25.86 
 
 		 567 aa  107  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.18 
 
 		 645 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 		 975 aa  106  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.07 
 
 		 650 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.99 
 
 		 583 aa  105  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>