More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0555 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  61.51 
 
 		 635 aa  764    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  86.01 
 
 		 631 aa  1144    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  84.67 
 
 		 647 aa  1127    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  59.4 
 
 		 636 aa  777    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  62.52 
 
 		 636 aa  790    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  64.67 
 
 		 636 aa  818    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  84.67 
 
 		 647 aa  1127    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 634 aa  1312    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  60.03 
 
 		 657 aa  790    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  63.46 
 
 		 637 aa  768    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  87.38 
 
 		 636 aa  1144    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  84.98 
 
 		 647 aa  1130    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  68.67 
 
 		 635 aa  912    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  86.91 
 
 		 636 aa  1128    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  87.22 
 
 		 636 aa  1144    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  85.14 
 
 		 647 aa  1131    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  31.44 
 
 		 643 aa  328  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  32.34 
 
 		 648 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.38 
 
 		 661 aa  317  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  30.71 
 
 		 638 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  30.91 
 
 		 638 aa  314  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  31.19 
 
 		 637 aa  312  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 		 640 aa  311  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  29.58 
 
 		 669 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  29.38 
 
 		 673 aa  301  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  28.91 
 
 		 676 aa  294  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  28.93 
 
 		 645 aa  288  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  29.06 
 
 		 646 aa  283  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  30.52 
 
 		 646 aa  283  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  30.52 
 
 		 646 aa  283  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  30.52 
 
 		 646 aa  283  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  30.67 
 
 		 646 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  30.52 
 
 		 646 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  29.46 
 
 		 645 aa  282  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  29.28 
 
 		 646 aa  274  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  28.75 
 
 		 646 aa  273  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  28.75 
 
 		 646 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.75 
 
 		 646 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  28.75 
 
 		 646 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  28.75 
 
 		 646 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  28.75 
 
 		 646 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  28.59 
 
 		 646 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.82 
 
 		 646 aa  270  5e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.21 
 
 		 642 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.84 
 
 		 646 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 		 634 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 		 648 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 		 634 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.59 
 
 		 648 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 634 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.9 
 
 		 648 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 634 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.36 
 
 		 634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 		 648 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 		 642 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 638 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 		 632 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.9 
 
 		 623 aa  130  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.12 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.28 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 		 648 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 		 663 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.83 
 
 		 637 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.67 
 
 		 1072 aa  124  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.72 
 
 		 639 aa  124  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.82 
 
 		 634 aa  123  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.24 
 
 		 845 aa  123  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.71 
 
 		 639 aa  123  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.45 
 
 		 975 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 632 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  26.93 
 
 		 631 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.1 
 
 		 645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 		 644 aa  120  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 637 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.29 
 
 		 817 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.54 
 
 		 763 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.97 
 
 		 1016 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.23 
 
 		 567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 		 645 aa  115  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  25.35 
 
 		 567 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  25.35 
 
 		 567 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  25.35 
 
 		 567 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  25.35 
 
 		 567 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  25.35 
 
 		 567 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  25.59 
 
 		 567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  25.29 
 
 		 568 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.11 
 
 		 1030 aa  112  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.24 
 
 		 1021 aa  112  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.05 
 
 		 649 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.81 
 
 		 994 aa  111  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.87 
 
 		 928 aa  111  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 752 aa  111  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.59 
 
 		 684 aa  111  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  24.89 
 
 		 566 aa  110  8.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.7 
 
 		 806 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.52 
 
 		 803 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>