More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0539 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  65.57 
 
 
635 aa  838    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  63.72 
 
 
647 aa  827    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  63.17 
 
 
631 aa  816    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  71.29 
 
 
636 aa  909    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  100 
 
 
636 aa  1307    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  63.57 
 
 
647 aa  823    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  80.85 
 
 
637 aa  1018    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  63.72 
 
 
647 aa  826    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  63.72 
 
 
647 aa  827    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  63.92 
 
 
635 aa  849    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  54.21 
 
 
657 aa  717    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  64.88 
 
 
636 aa  813    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  65.04 
 
 
636 aa  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  64.67 
 
 
634 aa  820    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  56.51 
 
 
636 aa  716    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  64.88 
 
 
636 aa  822    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  30.54 
 
 
638 aa  306  7e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  30.38 
 
 
638 aa  305  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  30.54 
 
 
637 aa  303  7.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.28 
 
 
661 aa  301  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  29.45 
 
 
673 aa  297  5e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  31.02 
 
 
648 aa  294  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 
640 aa  293  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  29.86 
 
 
669 aa  291  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  30.08 
 
 
643 aa  288  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  29 
 
 
676 aa  280  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 
646 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 
646 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 
646 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 
646 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 
646 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  29.33 
 
 
646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  29.33 
 
 
646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  28.35 
 
 
645 aa  266  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  29.17 
 
 
646 aa  265  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  29.33 
 
 
646 aa  265  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  28.71 
 
 
645 aa  265  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  29.6 
 
 
646 aa  263  8e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 
634 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.52 
 
 
634 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.39 
 
 
634 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.08 
 
 
642 aa  140  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 
634 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.17 
 
 
634 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
634 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
634 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
634 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.99 
 
 
623 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.7 
 
 
646 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.83 
 
 
634 aa  134  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.45 
 
 
632 aa  132  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 
634 aa  130  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.44 
 
 
648 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
648 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
632 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
648 aa  127  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.56 
 
 
663 aa  127  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
648 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
637 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25.67 
 
 
631 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.77 
 
 
642 aa  124  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.54 
 
 
634 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 
648 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.09 
 
 
645 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
638 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  24.54 
 
 
685 aa  117  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.44 
 
 
650 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  25.06 
 
 
763 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
637 aa  115  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.01 
 
 
1016 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.02 
 
 
958 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.46 
 
 
803 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.35 
 
 
639 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.31 
 
 
639 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.43 
 
 
1238 aa  111  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.56 
 
 
649 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.01 
 
 
975 aa  111  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.7 
 
 
645 aa  110  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.91 
 
 
817 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 
815 aa  109  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.61 
 
 
731 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.02 
 
 
644 aa  106  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.39 
 
 
567 aa  106  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 
783 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.18 
 
 
673 aa  105  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.15 
 
 
650 aa  104  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  24.04 
 
 
800 aa  105  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.15 
 
 
1072 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.51 
 
 
917 aa  102  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 
703 aa  102  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.03 
 
 
718 aa  101  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.12 
 
 
735 aa  101  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  22.05 
 
 
976 aa  101  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.7 
 
 
1030 aa  100  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>