More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0449 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  68.67 
 
 		 634 aa  892    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  60.6 
 
 		 635 aa  756    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  68.74 
 
 		 647 aa  908    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  67.04 
 
 		 631 aa  883    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  61.2 
 
 		 636 aa  775    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  68.9 
 
 		 647 aa  911    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  61.3 
 
 		 637 aa  760    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  68.4 
 
 		 636 aa  890    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  68.43 
 
 		 647 aa  906    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  68.9 
 
 		 647 aa  912    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  56.2 
 
 		 657 aa  761    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  68.08 
 
 		 636 aa  877    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  68.4 
 
 		 636 aa  892    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  63.92 
 
 		 636 aa  827    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  58.28 
 
 		 636 aa  764    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 635 aa  1305    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  29.06 
 
 		 669 aa  307  4.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.24 
 
 		 661 aa  303  5.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  29.06 
 
 		 676 aa  297  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  29.98 
 
 		 643 aa  296  9e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  28.99 
 
 		 673 aa  295  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  30.3 
 
 		 638 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  30.5 
 
 		 638 aa  289  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  30.5 
 
 		 637 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  31.35 
 
 		 648 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  30.81 
 
 		 640 aa  278  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  30.79 
 
 		 646 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  30.79 
 
 		 646 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  30.79 
 
 		 646 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  30.79 
 
 		 646 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  30.64 
 
 		 646 aa  264  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  30.39 
 
 		 646 aa  264  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  29.48 
 
 		 646 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  28.84 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.84 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  28.84 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  28.84 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  28.84 
 
 		 646 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  28.79 
 
 		 646 aa  254  5.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  28.17 
 
 		 645 aa  252  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  28.55 
 
 		 646 aa  253  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.79 
 
 		 646 aa  252  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  27.9 
 
 		 645 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27 
 
 		 642 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.97 
 
 		 634 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.39 
 
 		 634 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.23 
 
 		 634 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.75 
 
 		 634 aa  145  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 		 634 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  26.62 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  26.49 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 		 634 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.2 
 
 		 648 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 		 638 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.2 
 
 		 648 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 648 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.5 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 		 648 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.01 
 
 		 642 aa  135  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.03 
 
 		 646 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.21 
 
 		 637 aa  134  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 632 aa  133  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 		 648 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 		 623 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 		 663 aa  130  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.92 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.11 
 
 		 650 aa  128  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 		 632 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.85 
 
 		 637 aa  128  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.4 
 
 		 649 aa  127  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.01 
 
 		 639 aa  126  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.58 
 
 		 1021 aa  124  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.14 
 
 		 639 aa  123  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.59 
 
 		 645 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.53 
 
 		 1016 aa  121  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3416  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.33 
 
 		 857 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.575595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 		 817 aa  120  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.63 
 
 		 650 aa  120  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.02 
 
 		 769 aa  119  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  24.29 
 
 		 631 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.86 
 
 		 857 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.95 
 
 		 644 aa  117  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0437  sensory box protein  24.84 
 
 		 856 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0440  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.15 
 
 		 856 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.15 
 
 		 856 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  25.47 
 
 		 650 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.07 
 
 		 703 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.93 
 
 		 856 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.04 
 
 		 763 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.97 
 
 		 994 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.21 
 
 		 673 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 		 539 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.62 
 
 		 853 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 		 663 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 		 645 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.02 
 
 		 650 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.66 
 
 		 820 aa  112  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.22 
 
 		 608 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>