More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0262 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  53.24 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.24 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  52.31 
 
 		 646 aa  702    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  56.23 
 
 		 638 aa  731    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  68.29 
 
 		 640 aa  915    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  53.24 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  53.4 
 
 		 646 aa  706    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  53.24 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  51.93 
 
 		 646 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  93.8 
 
 		 645 aa  1227    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  52.09 
 
 		 646 aa  676    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  53.09 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  53.24 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  51.93 
 
 		 646 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  56.23 
 
 		 638 aa  731    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  53.08 
 
 		 646 aa  702    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  53.4 
 
 		 646 aa  705    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  51.93 
 
 		 646 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  69.77 
 
 		 648 aa  941    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  63.99 
 
 		 643 aa  834    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 645 aa  1322    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  51.93 
 
 		 646 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  56.37 
 
 		 637 aa  729    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  31.46 
 
 		 669 aa  361  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  31.66 
 
 		 676 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  32.55 
 
 		 673 aa  342  9e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  31.61 
 
 		 661 aa  334  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  29.07 
 
 		 631 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  28.77 
 
 		 634 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 		 636 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 		 636 aa  280  8e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  28.82 
 
 		 636 aa  277  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  28.22 
 
 		 647 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  29.12 
 
 		 647 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  29.12 
 
 		 647 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  29.12 
 
 		 647 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  28.35 
 
 		 636 aa  258  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  28.05 
 
 		 635 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  28.01 
 
 		 657 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  28.84 
 
 		 636 aa  249  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  28.97 
 
 		 637 aa  247  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  26.74 
 
 		 636 aa  234  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  26.7 
 
 		 635 aa  224  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.11 
 
 		 642 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.6 
 
 		 663 aa  128  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 		 648 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.28 
 
 		 634 aa  126  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.47 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.23 
 
 		 634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.23 
 
 		 634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.75 
 
 		 634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.52 
 
 		 634 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 		 637 aa  118  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 		 638 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.95 
 
 		 634 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.17 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 		 637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.95 
 
 		 634 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.41 
 
 		 632 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 		 637 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.17 
 
 		 634 aa  114  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.59 
 
 		 979 aa  114  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.28 
 
 		 632 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.18 
 
 		 587 aa  110  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.86 
 
 		 650 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.72 
 
 		 650 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  21.98 
 
 		 631 aa  107  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.72 
 
 		 994 aa  107  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.13 
 
 		 1021 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.32 
 
 		 634 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  23.04 
 
 		 639 aa  104  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.11 
 
 		 646 aa  103  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 		 648 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.43 
 
 		 650 aa  103  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.87 
 
 		 820 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.06 
 
 		 623 aa  102  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.63 
 
 		 642 aa  101  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.17 
 
 		 650 aa  101  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.3 
 
 		 704 aa  101  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  25.64 
 
 		 650 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 648 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 		 928 aa  100  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.25 
 
 		 790 aa  99.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252746  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.77 
 
 		 649 aa  99.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  24.1 
 
 		 800 aa  98.6  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.52 
 
 		 975 aa  98.6  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  21.04 
 
 		 634 aa  98.2  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  22.83 
 
 		 639 aa  98.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.9 
 
 		 736 aa  98.2  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.08 
 
 		 1072 aa  97.8  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.81 
 
 		 1016 aa  97.8  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.08 
 
 		 704 aa  97.8  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.76 
 
 		 803 aa  97.8  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.17 
 
 		 935 aa  97.4  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.22 
 
 		 769 aa  97.4  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5518  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.63 
 
 		 556 aa  97.1  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.04 
 
 		 648 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.87 
 
 		 811 aa  96.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 		 655 aa  96.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.04 
 
 		 648 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>