More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0465 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  51.27 
 
 		 676 aa  703    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 661 aa  1352    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  51.71 
 
 		 673 aa  681    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  51.04 
 
 		 669 aa  699    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 		 643 aa  374  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  34.45 
 
 		 648 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  32.76 
 
 		 638 aa  358  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  34.67 
 
 		 640 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  32.61 
 
 		 638 aa  357  3.9999999999999996e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  32.76 
 
 		 637 aa  355  1e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  31.94 
 
 		 646 aa  342  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  31.64 
 
 		 646 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  31.79 
 
 		 646 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  31.64 
 
 		 646 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.64 
 
 		 646 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  31.64 
 
 		 646 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  31.64 
 
 		 646 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  31.64 
 
 		 646 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  31.48 
 
 		 646 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  31.6 
 
 		 646 aa  330  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  31.96 
 
 		 645 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  31.61 
 
 		 645 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 646 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 646 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 646 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 646 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 646 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  30.74 
 
 		 636 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  30.59 
 
 		 636 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  31.38 
 
 		 634 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  30.43 
 
 		 631 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  31.24 
 
 		 635 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.7 
 
 		 636 aa  301  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  30.17 
 
 		 647 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  30.33 
 
 		 647 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  30.17 
 
 		 647 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  30.33 
 
 		 647 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  31.28 
 
 		 636 aa  295  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  31.44 
 
 		 637 aa  293  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  29.98 
 
 		 657 aa  290  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  31.33 
 
 		 635 aa  283  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  30.91 
 
 		 636 aa  281  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  30.5 
 
 		 636 aa  263  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.64 
 
 		 639 aa  146  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  25.16 
 
 		 639 aa  146  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 		 648 aa  143  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.4 
 
 		 637 aa  142  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.73 
 
 		 803 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.65 
 
 		 650 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.81 
 
 		 650 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.73 
 
 		 637 aa  134  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.38 
 
 		 642 aa  132  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.3 
 
 		 663 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.16 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.1 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 		 634 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  25.74 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.19 
 
 		 811 aa  125  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.52 
 
 		 650 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.09 
 
 		 632 aa  124  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.33 
 
 		 634 aa  124  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 648 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.88 
 
 		 650 aa  124  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 		 634 aa  124  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 		 634 aa  124  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.79 
 
 		 634 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.89 
 
 		 769 aa  123  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 		 634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 648 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 		 634 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.02 
 
 		 634 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 728 aa  122  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.32 
 
 		 728 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 		 634 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.67 
 
 		 648 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.67 
 
 		 648 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 		 632 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 		 731 aa  120  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 728 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  27.38 
 
 		 734 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25 
 
 		 806 aa  120  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  26.48 
 
 		 1120 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.35 
 
 		 1016 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.9 
 
 		 638 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 		 730 aa  118  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.71 
 
 		 631 aa  119  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 		 817 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 		 918 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  26.24 
 
 		 1105 aa  117  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 		 645 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  25.57 
 
 		 728 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.57 
 
 		 820 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.72 
 
 		 637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 		 753 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 		 979 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.76 
 
 		 1076 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  25.23 
 
 		 571 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 		 663 aa  114  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 		 739 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>