More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3678 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  53.12 
 
 		 646 aa  701    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.12 
 
 		 646 aa  701    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  54.42 
 
 		 638 aa  714    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  53.12 
 
 		 646 aa  701    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 646 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  68.29 
 
 		 645 aa  905    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  52.96 
 
 		 646 aa  699    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  54.3 
 
 		 646 aa  707    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  52.96 
 
 		 646 aa  699    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  80.78 
 
 		 648 aa  1074    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 646 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  68.92 
 
 		 645 aa  914    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  53.12 
 
 		 646 aa  701    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  54.42 
 
 		 637 aa  714    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 640 aa  1316    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 646 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 646 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 646 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  53.43 
 
 		 646 aa  704    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  53.12 
 
 		 646 aa  699    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  53.12 
 
 		 646 aa  701    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  54.57 
 
 		 638 aa  716    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  61.09 
 
 		 643 aa  804    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  34.91 
 
 		 673 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  32.24 
 
 		 676 aa  365  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  32.08 
 
 		 669 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  34.67 
 
 		 661 aa  357  3.9999999999999996e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 		 634 aa  300  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  31.33 
 
 		 631 aa  297  5e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  31.56 
 
 		 647 aa  293  6e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  31.41 
 
 		 647 aa  293  8e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  31.41 
 
 		 647 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  31.41 
 
 		 647 aa  292  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  31.01 
 
 		 636 aa  287  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  31.17 
 
 		 636 aa  287  5e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.84 
 
 		 636 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  32.14 
 
 		 636 aa  281  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  30.81 
 
 		 635 aa  278  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  32.59 
 
 		 637 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  29.84 
 
 		 636 aa  263  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  29.76 
 
 		 636 aa  259  8e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  31.95 
 
 		 657 aa  257  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  30.28 
 
 		 635 aa  243  9e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 		 642 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.98 
 
 		 634 aa  134  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.63 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 		 634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.38 
 
 		 634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.62 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.97 
 
 		 634 aa  128  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.36 
 
 		 632 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.04 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 		 634 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.16 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 637 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.04 
 
 		 646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.95 
 
 		 639 aa  122  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  25.16 
 
 		 639 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.25 
 
 		 634 aa  118  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.74 
 
 		 638 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.1 
 
 		 648 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 637 aa  117  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 		 663 aa  117  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.6 
 
 		 632 aa  114  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.05 
 
 		 1120 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.59 
 
 		 649 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  25.45 
 
 		 648 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 		 637 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 		 648 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 648 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 		 655 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.14 
 
 		 631 aa  107  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.43 
 
 		 1072 aa  107  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 		 648 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 		 979 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.49 
 
 		 650 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.29 
 
 		 650 aa  105  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  26.68 
 
 		 1105 aa  104  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.63 
 
 		 803 aa  104  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.64 
 
 		 642 aa  103  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.59 
 
 		 650 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 		 644 aa  101  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 		 587 aa  102  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.38 
 
 		 704 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.28 
 
 		 673 aa  100  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.53 
 
 		 608 aa  100  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.58 
 
 		 1076 aa  100  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.63 
 
 		 663 aa  100  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.91 
 
 		 623 aa  99  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 		 928 aa  99.4  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.61 
 
 		 645 aa  99  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.96 
 
 		 704 aa  99.4  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.35 
 
 		 1021 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.22 
 
 		 994 aa  95.5  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65540  hypothetical protein  25.06 
 
 		 691 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.96 
 
 		 790 aa  95.1  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252746  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5688  hypothetical protein  25.63 
 
 		 691 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.19 
 
 		 650 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>