More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1079 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
663 aa  1360    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.05 
 
 
645 aa  513  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
696 aa  320  6e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
648 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.35 
 
 
648 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
648 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 
648 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.95 
 
 
648 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
642 aa  301  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.96 
 
 
645 aa  297  5e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
650 aa  296  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  28.87 
 
 
650 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  28.74 
 
 
639 aa  275  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  28.85 
 
 
639 aa  275  3e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  30.28 
 
 
650 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
637 aa  273  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  28.87 
 
 
650 aa  272  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 
644 aa  270  8e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.98 
 
 
649 aa  268  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  29.57 
 
 
650 aa  256  9e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  27.51 
 
 
639 aa  250  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  27.74 
 
 
640 aa  247  6e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 
640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.32 
 
 
640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.37 
 
 
640 aa  242  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  25.95 
 
 
627 aa  241  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 
639 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 
639 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.29 
 
 
639 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.11 
 
 
639 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.36 
 
 
639 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.36 
 
 
639 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.55 
 
 
639 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.95 
 
 
639 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.2 
 
 
639 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.01 
 
 
649 aa  231  3e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.5 
 
 
637 aa  231  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.34 
 
 
635 aa  230  7e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 
640 aa  230  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.74 
 
 
639 aa  229  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25.11 
 
 
641 aa  229  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.27 
 
 
640 aa  229  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.52 
 
 
637 aa  226  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.33 
 
 
636 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.66 
 
 
649 aa  216  7e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  26.42 
 
 
640 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  24.49 
 
 
654 aa  212  2e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  27.97 
 
 
634 aa  210  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 
638 aa  207  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
634 aa  204  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.1 
 
 
634 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
634 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
634 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  27.89 
 
 
634 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
634 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
634 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 
663 aa  198  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.12 
 
 
632 aa  197  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.1 
 
 
634 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
634 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  26.76 
 
 
634 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 
634 aa  194  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  29 
 
 
646 aa  193  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.21 
 
 
642 aa  192  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
703 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 
632 aa  191  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.69 
 
 
638 aa  188  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  27.85 
 
 
631 aa  183  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.02 
 
 
632 aa  180  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.29 
 
 
640 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  28.86 
 
 
811 aa  157  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.19 
 
 
623 aa  154  5.9999999999999996e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 
803 aa  147  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 
960 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  27.19 
 
 
571 aa  145  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 
698 aa  144  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  26.74 
 
 
591 aa  144  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.39 
 
 
918 aa  144  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.1 
 
 
1072 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00528  hypothetical protein  27.51 
 
 
1049 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.95 
 
 
942 aa  141  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.25 
 
 
951 aa  141  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.43 
 
 
673 aa  140  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1884  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.62 
 
 
900 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.996671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001950  sensory box/GGDEF family protein  26.71 
 
 
1041 aa  140  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.27 
 
 
808 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.03 
 
 
596 aa  139  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  26.13 
 
 
818 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
568 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
800 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.39 
 
 
900 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.0846587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.94 
 
 
1076 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  26.49 
 
 
823 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
928 aa  135  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.24 
 
 
799 aa  134  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.38 
 
 
994 aa  134  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  26.14 
 
 
1129 aa  134  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.85 
 
 
738 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2338  sensory box protein  26.42 
 
 
800 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  26.2 
 
 
800 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>