224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0709 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0709  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0658  Lytic transglycosylase catalytic  80.72 
 
 		 395 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.118125 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0702  Lytic transglycosylase catalytic  79.89 
 
 		 394 aa  524  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.417607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2697  lytic transglycosylase, catalytic  60.78 
 
 		 355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0766  lytic transglycosylase, catalytic  63.84 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3021  Slt family transglycosylase  50.97 
 
 		 370 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.734248  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1527  transglycosylase SLT domain-containing protein  50 
 
 		 367 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.165503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2149  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.65 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3105  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.65 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3074  Slt family transglycosylase  50.65 
 
 		 370 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2021  Slt family transglycosylase  51.51 
 
 		 337 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0759  Slt family transglycosylase  51.51 
 
 		 337 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.404866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2592  Slt family transglycosylase  60.65 
 
 		 319 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3105  Lytic transglycosylase catalytic  49.14 
 
 		 393 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0889  transglycosylase SLT domain-containing lipoprotein  63.73 
 
 		 398 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0615  lytic transglycosylase catalytic  57.82 
 
 		 404 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0823  lytic transglycosylase catalytic  46.06 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0812  lytic transglycosylase, catalytic  47.7 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4054  lytic transglycosylase, catalytic  47.39 
 
 		 370 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0474  lytic transglycosylase, catalytic  44.84 
 
 		 378 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0915  lytic transglycosylase catalytic  47.1 
 
 		 378 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.423978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0953  lytic transglycosylase, catalytic  47.1 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2444  lytic transglycosylase catalytic  56 
 
 		 374 aa  223  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2937  hypothetical protein  59.56 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.88861 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  56.38 
 
 		 272 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2926  lytic transglycosylase catalytic  49.77 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2991  lytic transglycosylase, catalytic  53.33 
 
 		 295 aa  185  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal  0.305104 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4954  lytic transglycosylase catalytic  54.97 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2657  lytic transglycosylase, catalytic  56.02 
 
 		 267 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00887082  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2906  lytic transglycosylase, catalytic  45.31 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0327296  normal  0.0416217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2043  Lytic transglycosylase catalytic  62.84 
 
 		 279 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.944666  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1661  lytic transglycosylase, catalytic  62.84 
 
 		 279 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2873  lytic transglycosylase, catalytic  52.15 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113557  normal  0.33639 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3628  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0365  Lytic transglycosylase catalytic  40.17 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0364  lytic transglycosylase, catalytic  47.65 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3533  lytic transglycosylase, catalytic  43.18 
 
 		 226 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.018902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  36.41 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5136  lytic transglycosylase catalytic  31.16 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.206246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3221  lytic transglycosylase, catalytic  31.16 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434421  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5146  lytic transglycosylase, catalytic  31.16 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00474071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  31.5 
 
 		 208 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0495  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.358787  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  36.36 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4539  lytic transglycosylase, catalytic  28.99 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  29.46 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4128  lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5063  lytic transglycosylase catalytic  28.99 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1707  Lytic transglycosylase catalytic  33.04 
 
 		 782 aa  58.9  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1275  lytic transglycosylase, catalytic  30.17 
 
 		 185 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 218 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 		 438 aa  57  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  32.2 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2641  lytic transglycosylase, catalytic  38.04 
 
 		 833 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2210  lytic transglycosylase catalytic  43.04 
 
 		 725 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.847947  normal  0.0413346 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  36.52 
 
 		 202 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3076  lytic transglycosylase catalytic  33.04 
 
 		 777 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.627553  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0744  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 221 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3099  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 251 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  30.06 
 
 		 253 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  33.64 
 
 		 253 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3693  Lytic transglycosylase catalytic  30.17 
 
 		 227 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00345887  hitchhiker  0.000000358582 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4351  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 194 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2391  lytic transglycosylase, catalytic  32.67 
 
 		 228 aa  53.5  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  39.76 
 
 		 251 aa  53.1  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 218 aa  52.8  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  36.27 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1794  lytic transglycosylase, catalytic  38.27 
 
 		 152 aa  52  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0575  lytic transglycosylase catalytic  30 
 
 		 223 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.445014 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2468  lytic transglycosylase catalytic  37.8 
 
 		 234 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  31.37 
 
 		 218 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0643  lytic transglycosylase, catalytic  32 
 
 		 203 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.849619  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  33.11 
 
 		 603 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  31.53 
 
 		 175 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4211  Lytic transglycosylase catalytic  29.03 
 
 		 219 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 		 261 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0518  putative signal peptide protein  29.91 
 
 		 206 aa  51.6  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106136 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  38.71 
 
 		 198 aa  51.2  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  37.21 
 
 		 260 aa  51.2  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3669  lytic transglycosylase, catalytic  30.39 
 
 		 226 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5480  lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 		 194 aa  50.4  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1297  lytic transglycosylase, catalytic  31.62 
 
 		 228 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  37.21 
 
 		 260 aa  50.8  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  35.63 
 
 		 258 aa  50.4  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  34.71 
 
 		 272 aa  50.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0884  lytic transglycosylase, catalytic  36.71 
 
 		 188 aa  50.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.10912  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  32.04 
 
 		 194 aa  50.4  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  24.39 
 
 		 179 aa  50.1  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  38.71 
 
 		 196 aa  50.1  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2563  Lytic transglycosylase catalytic  31.62 
 
 		 228 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0148918  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2691  lytic transglycosylase, catalytic  32.58 
 
 		 798 aa  50.1  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.463338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  34.34 
 
 		 748 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  34.18 
 
 		 661 aa  49.7  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2659  Lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 		 228 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.725375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  31.5 
 
 		 241 aa  49.7  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0262  hypothetical protein  28.57 
 
 		 217 aa  49.7  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00447321 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 280 aa  49.3  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  34.62 
 
 		 196 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  32.35 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>