More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3099 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 272 aa  549  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2991  lytic transglycosylase, catalytic  74.24 
 
 		 295 aa  354  8.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal  0.305104 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2873  lytic transglycosylase, catalytic  65.44 
 
 		 296 aa  352  4e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113557  normal  0.33639 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2043  Lytic transglycosylase catalytic  71.25 
 
 		 279 aa  348  6e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.944666  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1661  lytic transglycosylase, catalytic  71.85 
 
 		 279 aa  348  7e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2657  lytic transglycosylase, catalytic  67.7 
 
 		 267 aa  326  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00887082  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2906  lytic transglycosylase, catalytic  59.57 
 
 		 306 aa  315  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0327296  normal  0.0416217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4954  lytic transglycosylase catalytic  67.11 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2937  hypothetical protein  58.72 
 
 		 306 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.88861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3628  lytic transglycosylase, catalytic  66.19 
 
 		 252 aa  280  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2926  lytic transglycosylase catalytic  54.24 
 
 		 311 aa  278  9e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0702  Lytic transglycosylase catalytic  54.3 
 
 		 394 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.417607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0658  Lytic transglycosylase catalytic  54.01 
 
 		 395 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.118125 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0709  hypothetical protein  60.26 
 
 		 362 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2592  Slt family transglycosylase  58.78 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0759  Slt family transglycosylase  58.78 
 
 		 337 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.404866  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3021  Slt family transglycosylase  42.07 
 
 		 370 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.734248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2021  Slt family transglycosylase  58.78 
 
 		 337 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0889  transglycosylase SLT domain-containing lipoprotein  54.37 
 
 		 398 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2149  transglycosylase SLT domain-containing protein  58.78 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3105  transglycosylase SLT domain-containing protein  58.78 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3074  Slt family transglycosylase  58.78 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3105  Lytic transglycosylase catalytic  53.33 
 
 		 393 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1527  transglycosylase SLT domain-containing protein  58.78 
 
 		 367 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.165503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0823  lytic transglycosylase catalytic  53.25 
 
 		 372 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0915  lytic transglycosylase catalytic  55.7 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.423978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0474  lytic transglycosylase, catalytic  55.7 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0953  lytic transglycosylase, catalytic  55.7 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0812  lytic transglycosylase, catalytic  55.7 
 
 		 372 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0766  lytic transglycosylase, catalytic  58.74 
 
 		 354 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4054  lytic transglycosylase, catalytic  54.49 
 
 		 370 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2444  lytic transglycosylase catalytic  54.49 
 
 		 374 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2697  lytic transglycosylase, catalytic  57.86 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0615  lytic transglycosylase catalytic  53.16 
 
 		 404 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0365  Lytic transglycosylase catalytic  47.71 
 
 		 330 aa  151  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0364  lytic transglycosylase, catalytic  49.66 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3533  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 226 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.018902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  41.36 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  38.02 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  36 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3099  lytic transglycosylase, catalytic  34.91 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  33.73 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  35.43 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  33.13 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  39.58 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1275  lytic transglycosylase, catalytic  34.67 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5136  lytic transglycosylase catalytic  29.44 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.206246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  32.94 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3484  lytic murein transglycosylase  40.23 
 
 		 639 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3613  lytic murein transglycosylase  40.23 
 
 		 639 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0495  lytic transglycosylase, catalytic  29.41 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.358787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3221  lytic transglycosylase, catalytic  32.31 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434421  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1794  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 152 aa  57.4  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0817  lytic murein transglycosylase  40.23 
 
 		 639 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  40.24 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5146  lytic transglycosylase, catalytic  32.31 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00474071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  34.96 
 
 		 202 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  35.4 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0744  lytic transglycosylase, catalytic  44.16 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220327 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3106  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00368993 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  41.3 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3669  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2391  lytic transglycosylase, catalytic  38.39 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4211  Lytic transglycosylase catalytic  37.62 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02793  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0732  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 360 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  36.07 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4267  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.59829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.79 
 
 		 198 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0751  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 360 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3124  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3309  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3396  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02756  hypothetical protein  42.86 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.128702  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  38.71 
 
 		 438 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2468  lytic transglycosylase catalytic  34.04 
 
 		 234 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3455  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.941292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  34.75 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4351  lytic transglycosylase catalytic  36.63 
 
 		 194 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  29.84 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3276  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 361 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3352  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3286  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.548913  normal  0.0418173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0575  lytic transglycosylase catalytic  36.04 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.445014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3360  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.0857265 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3368  murein transglycosylase C  42.86 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0187243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  36.08 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  34.86 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  33.64 
 
 		 196 aa  53.1  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2563  Lytic transglycosylase catalytic  38.83 
 
 		 228 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0148918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  35.48 
 
 		 241 aa  53.5  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1297  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 		 228 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4539  lytic transglycosylase, catalytic  31.54 
 
 		 224 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3076  lytic transglycosylase catalytic  32.31 
 
 		 777 aa  52.8  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.627553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>