More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4211 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4211  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 219 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3669  lytic transglycosylase, catalytic  73.11 
 
 		 226 aa  328  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  73.95 
 
 		 218 aa  325  5e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  73.95 
 
 		 218 aa  324  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  74.15 
 
 		 218 aa  321  7e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0744  lytic transglycosylase, catalytic  70.19 
 
 		 221 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1275  lytic transglycosylase, catalytic  75.28 
 
 		 185 aa  293  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2391  lytic transglycosylase, catalytic  73.63 
 
 		 228 aa  287  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5480  lytic transglycosylase catalytic  69.9 
 
 		 194 aa  278  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0518  putative signal peptide protein  65.69 
 
 		 206 aa  278  6e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0575  lytic transglycosylase catalytic  64.32 
 
 		 223 aa  261  6.999999999999999e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.445014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3099  lytic transglycosylase, catalytic  60.41 
 
 		 251 aa  247  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  61.19 
 
 		 253 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  59.42 
 
 		 253 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  61.42 
 
 		 245 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  61.58 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0421  lytic transglycosylase, catalytic  56.91 
 
 		 190 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.829572 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1226  Lytic transglycosylase catalytic  55.25 
 
 		 221 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0643  lytic transglycosylase, catalytic  54.95 
 
 		 203 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.849619  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2113  hypothetical protein  51.52 
 
 		 210 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  45.71 
 
 		 194 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  49.25 
 
 		 190 aa  131  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  41.52 
 
 		 175 aa  118  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  43.59 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  42.72 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  39.29 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  38.21 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  37.24 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2296  Lytic transglycosylase catalytic  35.58 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000211124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  43.02 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  40.7 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  41.86 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2926  lytic transglycosylase catalytic  34.42 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.76 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  38.37 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  38.37 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  35.82 
 
 		 438 aa  62  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  38.37 
 
 		 261 aa  62  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.37 
 
 		 251 aa  62  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  34.33 
 
 		 204 aa  62  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  61.6  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  30.43 
 
 		 280 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  38.37 
 
 		 261 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  41.94 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2937  hypothetical protein  33.8 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.88861 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  36.28 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  38.37 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  40.86 
 
 		 603 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3276  lytic transglycosylase, catalytic  43.01 
 
 		 152 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2261  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 		 671 aa  60.8  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0514362  hitchhiker  0.000191645 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  37.37 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  32.23 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0265  transglycosylase SLT domain protein  41.67 
 
 		 717 aa  59.3  0.00000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00304053  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  33.83 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  37.21 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  32.46 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  35.42 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  34.31 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  34.45 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  33.63 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  36.59 
 
 		 659 aa  58.5  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 		 243 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  41.86 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  40.7 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  33.33 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  33.67 
 
 		 654 aa  56.6  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  38.68 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  40 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  33.9 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 660 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4128  lytic transglycosylase catalytic  32.84 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  37.36 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  32.35 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  36.9 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  30.05 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2861  Lytic transglycosylase catalytic  30.22 
 
 		 534 aa  55.8  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  38.18 
 
 		 663 aa  55.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  38.04 
 
 		 698 aa  55.8  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1407  lytic transglycosylase, catalytic  31.4 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.282461  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 657 aa  55.1  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  34.65 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  39.18 
 
 		 657 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4098  lytic transglycosylase, catalytic  36.11 
 
 		 590 aa  55.5  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  34.4 
 
 		 649 aa  55.1  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  41.3 
 
 		 678 aa  55.1  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  34.26 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  34.88 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2419  Lytic transglycosylase catalytic  31.4 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0123719 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  30.25 
 
 		 245 aa  55.1  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>