More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3099 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3099  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 251 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  85.39 
 
 		 241 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  70.94 
 
 		 253 aa  333  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  69.29 
 
 		 245 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  70.64 
 
 		 253 aa  332  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0518  putative signal peptide protein  68.06 
 
 		 206 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106136 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3669  lytic transglycosylase, catalytic  65.76 
 
 		 226 aa  250  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  64.29 
 
 		 218 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0575  lytic transglycosylase catalytic  66.48 
 
 		 223 aa  245  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.445014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  61.31 
 
 		 218 aa  244  6.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5480  lytic transglycosylase catalytic  63.1 
 
 		 194 aa  244  6.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  61.31 
 
 		 218 aa  244  8e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4211  Lytic transglycosylase catalytic  62.64 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0744  lytic transglycosylase, catalytic  60.82 
 
 		 221 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1275  lytic transglycosylase, catalytic  64.64 
 
 		 185 aa  242  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2391  lytic transglycosylase, catalytic  64.57 
 
 		 228 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0643  lytic transglycosylase, catalytic  58.08 
 
 		 203 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.849619  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0421  lytic transglycosylase, catalytic  58.95 
 
 		 190 aa  214  9e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.829572 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2113  hypothetical protein  55.61 
 
 		 210 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1226  Lytic transglycosylase catalytic  56.99 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793802  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  54.48 
 
 		 194 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  50.37 
 
 		 190 aa  144  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  48.87 
 
 		 175 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  45.26 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  37.4 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  37.86 
 
 		 201 aa  68.2  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  40.7 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2248  Slt family transglycosylase  35.11 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.469686  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  40.7 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1960  secreted protein  38.38 
 
 		 181 aa  64.7  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  39.83 
 
 		 643 aa  64.7  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  34.91 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2296  Lytic transglycosylase catalytic  34.15 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000211124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  37.78 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  37.78 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  34.02 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  37.78 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  39.53 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  38.37 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  37 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  33.64 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  36.52 
 
 		 228 aa  62  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  62  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  62  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  36.17 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  36.67 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  43.82 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.86 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  36.67 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  34.45 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  38.89 
 
 		 715 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  32.63 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4128  lytic transglycosylase catalytic  31.78 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  40.59 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  35.79 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  38.24 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  32.79 
 
 		 664 aa  58.9  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  34.29 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2419  Lytic transglycosylase catalytic  32.35 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0123719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  36.52 
 
 		 678 aa  58.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  38.89 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 		 709 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  34.38 
 
 		 174 aa  58.2  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  34.69 
 
 		 709 aa  57.4  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 603 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  26.56 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2874  Lytic transglycosylase catalytic  39.36 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0680806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3276  lytic transglycosylase, catalytic  39.24 
 
 		 152 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  27.08 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  38.38 
 
 		 198 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  34.04 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  40.48 
 
 		 202 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  37.36 
 
 		 196 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2926  lytic transglycosylase catalytic  36.7 
 
 		 311 aa  57  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 659 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  35.2 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  37.78 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0483  lytic transglycosylase, catalytic  30.46 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  37.11 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3693  Lytic transglycosylase catalytic  31.63 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00345887  hitchhiker  0.000000358582 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  35.16 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  40.86 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  30.34 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2861  Lytic transglycosylase catalytic  33.54 
 
 		 534 aa  56.2  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  34.65 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  34.91 
 
 		 690 aa  55.8  0.0000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  29.32 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  32.32 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  32.99 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2261  lytic transglycosylase, catalytic  35.79 
 
 		 671 aa  54.7  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0514362  hitchhiker  0.000191645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>