More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2229 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 263 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  69.35 
 
 		 262 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  43.26 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  56.34 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  56.17 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  62.4 
 
 		 254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  58.06 
 
 		 294 aa  151  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  57.38 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  56.8 
 
 		 250 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  60 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  48.34 
 
 		 206 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  50.82 
 
 		 197 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  44.59 
 
 		 179 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  52.54 
 
 		 175 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  39.11 
 
 		 219 aa  118  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  35.5 
 
 		 205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.14 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  35.15 
 
 		 214 aa  112  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  39.1 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  48.45 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  39.74 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.6 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  48.45 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  48.45 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  47.42 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  47.42 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  47.42 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  43.56 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  43.56 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  42.16 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  49.44 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  45.28 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  35.57 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  45.36 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  46.59 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  40 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  41.41 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  42.57 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  32.26 
 
 		 260 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  34.4 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  43 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.42 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  37.78 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  42.27 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  34.82 
 
 		 428 aa  69.3  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  39.82 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  40.21 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  36.26 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  39.82 
 
 		 328 aa  68.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  38.6 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  39.25 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  38.94 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  39.22 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  42.42 
 
 		 603 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  39.22 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  43.56 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2912  lytic murein transglycosylase  38.05 
 
 		 368 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  44.09 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  39.83 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  34.43 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  40.87 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1017  lytic transglycosylase, catalytic  39.18 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.520766 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0177  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 429 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00119021 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  36.15 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  42.71 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  40.38 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000100876  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.62 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  44.05 
 
 		 342 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  39.58 
 
 		 196 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1021  Lytic transglycosylase catalytic  43.21 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0066  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.62 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.683563  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  44.71 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  40.59 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  36.04 
 
 		 196 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  39.18 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0643  lytic transglycosylase, catalytic  31.18 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.849619  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1837  lytic transglycosylase, catalytic  40.19 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  34.88 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  39.22 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  43.68 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  39.05 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  44.71 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  44.71 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  39.18 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  39.05 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0077  lytic transglycosylase catalytic  39.58 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0421  lytic transglycosylase, catalytic  32.34 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.829572 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  31.43 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  37.76 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  33.88 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  38.71 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>