More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2909 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 262 aa  527  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  69.35 
 
 		 263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  57.3 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  60.98 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  45.41 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  53.33 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  61.48 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  55.73 
 
 		 250 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  54.55 
 
 		 260 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  59.26 
 
 		 252 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  46.76 
 
 		 197 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  43.23 
 
 		 175 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  50.89 
 
 		 206 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  45.16 
 
 		 179 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.86 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  36.54 
 
 		 205 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.86 
 
 		 214 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  36.99 
 
 		 219 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  44.33 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  39.6 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  40.59 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  39.6 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  32.53 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  44.83 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  39.6 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  35.14 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  37.62 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  41 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  44.05 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  43.3 
 
 		 603 aa  62.4  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0650  transglycosylase  40 
 
 		 150 aa  62  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  40.4 
 
 		 237 aa  62  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 		 272 aa  62  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2303  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 150 aa  62  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.176095 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  38 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  40.19 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  32.06 
 
 		 709 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  40.4 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2397  lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279322  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  38.24 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  32.8 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  35.45 
 
 		 645 aa  61.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  34.26 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0006  lytic transglycosylase, catalytic  37.37 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  37.11 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0582  lytic transglycosylase, catalytic  42.17 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0006  lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0550  lytic transglycosylase, catalytic  41.24 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  36.11 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2463  lytic transglycosylase, catalytic  35.79 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  34.19 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  35.85 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04268  lytic murein transglycosylase, soluble  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04233  hypothetical protein  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4628  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 645 aa  58.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  40.22 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  34.31 
 
 		 174 aa  58.2  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  43.53 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  38.78 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  37 
 
 		 189 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  36 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  39.29 
 
 		 197 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3871  lytic murein transglycosylase  32.38 
 
 		 644 aa  57  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.006684  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2359  lytic transglycosylase, catalytic  32.43 
 
 		 203 aa  57  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  32.52 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  38.78 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  38.78 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  39.29 
 
 		 218 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  38.78 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3677  lytic murein transglycosylase  32.38 
 
 		 641 aa  56.6  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.994757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.27 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  33.13 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  36.08 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  40.23 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  36.56 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  34.91 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  28.49 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  30.53 
 
 		 709 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  32.8 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  40.48 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  42.35 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  42.35 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  31.78 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  38 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  36.78 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  34.69 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  36.73 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.73 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1017  lytic transglycosylase, catalytic  34.17 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.520766 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  29.84 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  36.73 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  36.73 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  33.67 
 
 		 428 aa  55.5  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>