More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2650 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 253 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  97.63 
 
 		 253 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  86.69 
 
 		 245 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3099  lytic transglycosylase, catalytic  70.94 
 
 		 251 aa  333  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  72.81 
 
 		 241 aa  329  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0518  putative signal peptide protein  66.85 
 
 		 206 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106136 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4211  Lytic transglycosylase catalytic  64.29 
 
 		 219 aa  241  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5480  lytic transglycosylase catalytic  61.75 
 
 		 194 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  58.33 
 
 		 218 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0575  lytic transglycosylase catalytic  63.93 
 
 		 223 aa  238  6.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.445014 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  58.33 
 
 		 218 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  58.33 
 
 		 218 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1275  lytic transglycosylase, catalytic  63.84 
 
 		 185 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2391  lytic transglycosylase, catalytic  62.86 
 
 		 228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3669  lytic transglycosylase, catalytic  59.34 
 
 		 226 aa  232  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0744  lytic transglycosylase, catalytic  59.66 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0643  lytic transglycosylase, catalytic  55.67 
 
 		 203 aa  218  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.849619  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1226  Lytic transglycosylase catalytic  56.7 
 
 		 221 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793802  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0421  lytic transglycosylase, catalytic  57.78 
 
 		 190 aa  206  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.829572 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2113  hypothetical protein  54.4 
 
 		 210 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  52.63 
 
 		 194 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  48.89 
 
 		 190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  41.42 
 
 		 175 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  35.4 
 
 		 217 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  43.16 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  38.39 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  42.42 
 
 		 208 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  37.19 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  37.01 
 
 		 206 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  32.92 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  42.57 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  39.39 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  36.63 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  44.9 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  36.29 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  41.86 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3427  Lytic transglycosylase catalytic  35.86 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  36.46 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  37.5 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  39.56 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  40.82 
 
 		 438 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  35.77 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  36.45 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  33.56 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 643 aa  63.2  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  41.41 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  41.41 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  36.94 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  33.56 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  39.53 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  41.44 
 
 		 678 aa  62.4  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  36.97 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  42.34 
 
 		 285 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0615  lytic transglycosylase catalytic  33.55 
 
 		 404 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4128  lytic transglycosylase catalytic  31.79 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2874  Lytic transglycosylase catalytic  40.82 
 
 		 214 aa  62  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0680806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2296  Lytic transglycosylase catalytic  32.52 
 
 		 271 aa  62  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000211124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  37.27 
 
 		 218 aa  62  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  35.42 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  33.13 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  39.58 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  36.04 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  39.29 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3509  lytic transglycosylase catalytic  31.51 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  41.49 
 
 		 661 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4054  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 370 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  37.14 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  30.43 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0823  lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  43.43 
 
 		 663 aa  59.7  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  36.96 
 
 		 715 aa  59.7  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  42.42 
 
 		 657 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  37.86 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  42.42 
 
 		 657 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0812  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0915  lytic transglycosylase catalytic  36.63 
 
 		 378 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.423978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0953  lytic transglycosylase, catalytic  36.63 
 
 		 378 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  35.53 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0474  lytic transglycosylase, catalytic  36.63 
 
 		 378 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0265  transglycosylase SLT domain protein  40.95 
 
 		 717 aa  58.5  0.00000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00304053  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2873  lytic transglycosylase, catalytic  30.92 
 
 		 296 aa  58.5  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113557  normal  0.33639 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  37.21 
 
 		 261 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  37.21 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  37.21 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  37.21 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.27 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 		 709 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  33.61 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2444  lytic transglycosylase catalytic  38.83 
 
 		 374 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 		 664 aa  58.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  37.78 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2657  lytic transglycosylase, catalytic  33.88 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00887082  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.22 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  37.21 
 
 		 261 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2419  Lytic transglycosylase catalytic  33.01 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0123719 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0512  Lytic transglycosylase catalytic  39.02 
 
 		 154 aa  58.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.318275 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  35.25 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>