More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2657 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2657  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 267 aa  549  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00887082  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2991  lytic transglycosylase, catalytic  72.84 
 
 		 295 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal  0.305104 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1661  lytic transglycosylase, catalytic  70.29 
 
 		 279 aa  352  2.9999999999999997e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2043  Lytic transglycosylase catalytic  69.87 
 
 		 279 aa  350  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.944666  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2873  lytic transglycosylase, catalytic  70.2 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113557  normal  0.33639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4954  lytic transglycosylase catalytic  66.8 
 
 		 303 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3099  Lytic transglycosylase catalytic  66.81 
 
 		 272 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.448974  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2906  lytic transglycosylase, catalytic  60.47 
 
 		 306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0327296  normal  0.0416217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3628  lytic transglycosylase, catalytic  61.16 
 
 		 252 aa  294  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2937  hypothetical protein  58.72 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.88861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2926  lytic transglycosylase catalytic  55.43 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0615  lytic transglycosylase catalytic  55.68 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3105  Lytic transglycosylase catalytic  54.29 
 
 		 393 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0889  transglycosylase SLT domain-containing lipoprotein  56.77 
 
 		 398 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0474  lytic transglycosylase, catalytic  56.07 
 
 		 378 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0915  lytic transglycosylase catalytic  56.07 
 
 		 378 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.423978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0953  lytic transglycosylase, catalytic  56.07 
 
 		 378 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4054  lytic transglycosylase, catalytic  56.73 
 
 		 370 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2592  Slt family transglycosylase  55.69 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0759  Slt family transglycosylase  55.69 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.404866  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2021  Slt family transglycosylase  55.69 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3021  Slt family transglycosylase  55.69 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.734248  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2149  transglycosylase SLT domain-containing protein  55.69 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3105  transglycosylase SLT domain-containing protein  55.69 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2444  lytic transglycosylase catalytic  57.31 
 
 		 374 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3074  Slt family transglycosylase  55.69 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1527  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.8 
 
 		 367 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.165503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0709  hypothetical protein  56.02 
 
 		 362 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0658  Lytic transglycosylase catalytic  55.42 
 
 		 395 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.118125 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0823  lytic transglycosylase catalytic  56.02 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0702  Lytic transglycosylase catalytic  55.42 
 
 		 394 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.417607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0812  lytic transglycosylase, catalytic  56.02 
 
 		 372 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0766  lytic transglycosylase, catalytic  50.29 
 
 		 354 aa  169  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2697  lytic transglycosylase, catalytic  56.03 
 
 		 355 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0365  Lytic transglycosylase catalytic  45.83 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0364  lytic transglycosylase, catalytic  47.5 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3533  lytic transglycosylase, catalytic  45.89 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.018902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1088  Lytic transglycosylase catalytic  43.15 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1794  lytic transglycosylase, catalytic  32.28 
 
 		 152 aa  67.4  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0028  putative soluble lytic murein transglycosylase- related protein  35.43 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  39 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  36.59 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0817  lytic murein transglycosylase  31.98 
 
 		 639 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3613  lytic murein transglycosylase  31.98 
 
 		 639 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3484  lytic murein transglycosylase  31.98 
 
 		 639 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2650  Lytic transglycosylase catalytic  33.79 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.562869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5136  lytic transglycosylase catalytic  28.32 
 
 		 228 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.206246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3060  Lytic transglycosylase catalytic  33.1 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  35.54 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  42.68 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0451  lytic transglycosylase, catalytic  39.33 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102068  normal  0.101572 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0896  lytic transglycosylase, catalytic  37.25 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.671617  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  34.31 
 
 		 661 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3221  lytic transglycosylase, catalytic  30.14 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434421  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5146  lytic transglycosylase, catalytic  30.14 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00474071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  31.72 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  36.17 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  36.7 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  33.11 
 
 		 231 aa  57  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  42.68 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0495  lytic transglycosylase, catalytic  31.54 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.358787  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2815  putative signal peptide protein  34.01 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642085  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  31.75 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  37 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  37 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  32.23 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  41.38 
 
 		 296 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  39.33 
 
 		 237 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  34.65 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0908  soluble lytic murein transglycosylase-like  35.25 
 
 		 175 aa  55.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207022  decreased coverage  0.000000101863 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5063  lytic transglycosylase catalytic  28.67 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3076  lytic transglycosylase catalytic  36.52 
 
 		 777 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.627553  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  37.07 
 
 		 603 aa  54.3  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  41.46 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2951  lytic transglycosylase, catalytic  33.07 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  34.02 
 
 		 690 aa  54.7  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0177  Lytic transglycosylase catalytic  40.48 
 
 		 429 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00119021 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  35.45 
 
 		 196 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0538  lytic transglycosylase, catalytic  37.93 
 
 		 194 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.527113  hitchhiker  0.00520856 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4539  lytic transglycosylase, catalytic  27.01 
 
 		 224 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  31.17 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  45.45 
 
 		 202 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  34.35 
 
 		 268 aa  53.9  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 282 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0847  lytic transglycosylase, catalytic  39.78 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  35.64 
 
 		 362 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0776  Lytic transglycosylase catalytic  39.78 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  35.38 
 
 		 238 aa  53.9  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  41.1 
 
 		 203 aa  53.5  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0832  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 218 aa  53.5  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  42.47 
 
 		 191 aa  53.1  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  38.26 
 
 		 272 aa  53.5  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  33.64 
 
 		 362 aa  53.1  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2468  lytic transglycosylase catalytic  33.07 
 
 		 234 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>