141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2912 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2912  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 368 aa  734    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647608  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2611  Lytic transglycosylase catalytic  45.65 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2871  Lytic transglycosylase catalytic  45.79 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2108  lytic transglycosylase catalytic  38.44 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.344374 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2103  lytic transglycosylase, catalytic  58.97 
 
 		 249 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25465  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  55.08 
 
 		 287 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0077  lytic transglycosylase catalytic  55.08 
 
 		 280 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0066  transglycosylase SLT domain-containing protein  55.08 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.683563  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0550  lytic transglycosylase, catalytic  60.19 
 
 		 164 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 		 428 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  52.25 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1037  lytic transglycosylase, catalytic  50.48 
 
 		 156 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0650  transglycosylase  50 
 
 		 150 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2303  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 150 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.176095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0582  lytic transglycosylase, catalytic  51.79 
 
 		 150 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  47.41 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2463  lytic transglycosylase, catalytic  61.18 
 
 		 158 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  60 
 
 		 158 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1017  lytic transglycosylase, catalytic  49.54 
 
 		 165 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.520766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  49.55 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  49.54 
 
 		 326 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2397  lytic transglycosylase catalytic  50.45 
 
 		 375 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279322  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  50.94 
 
 		 309 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  49.06 
 
 		 297 aa  87  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  41.84 
 
 		 205 aa  86.7  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  37.23 
 
 		 219 aa  87  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  49.06 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.68 
 
 		 214 aa  86.3  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  48.42 
 
 		 175 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.68 
 
 		 214 aa  86.3  8e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  39.06 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  48.42 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  42.27 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  32.31 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 		 250 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  36.57 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  38.05 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  37.89 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  36.84 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  35.79 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  32.84 
 
 		 260 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  36.84 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  31.62 
 
 		 260 aa  57  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  41.77 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  40.7 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  35.83 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  40.45 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  40.48 
 
 		 203 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  36.9 
 
 		 202 aa  54.3  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  38.2 
 
 		 224 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  40.74 
 
 		 202 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  40.26 
 
 		 242 aa  53.1  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  40.24 
 
 		 280 aa  52.8  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  37.89 
 
 		 262 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 204 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0399  Lytic transglycosylase catalytic  39.77 
 
 		 574 aa  52  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  33.33 
 
 		 204 aa  52.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  37 
 
 		 196 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  34.58 
 
 		 241 aa  51.2  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  37.37 
 
 		 206 aa  51.6  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  34.01 
 
 		 258 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  39.73 
 
 		 438 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1595  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 378 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  36.08 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  37.36 
 
 		 197 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  35.63 
 
 		 328 aa  50.1  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  38.75 
 
 		 199 aa  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  37.93 
 
 		 297 aa  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  37.93 
 
 		 297 aa  49.7  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  30.99 
 
 		 196 aa  49.7  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  29.29 
 
 		 261 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  44.59 
 
 		 189 aa  49.3  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  41.33 
 
 		 333 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  36.14 
 
 		 203 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  35.11 
 
 		 217 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  33 
 
 		 198 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1715  lytic transglycosylase, catalytic  43.42 
 
 		 603 aa  48.5  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  32.08 
 
 		 370 aa  48.5  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  40.91 
 
 		 201 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  32.94 
 
 		 238 aa  47.8  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  37.66 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  31.93 
 
 		 235 aa  47  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  43.94 
 
 		 174 aa  47.4  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  38.96 
 
 		 207 aa  47  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  35.42 
 
 		 243 aa  47  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  30.59 
 
 		 261 aa  46.6  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  35.48 
 
 		 233 aa  46.6  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  30.59 
 
 		 261 aa  46.6  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  35.05 
 
 		 198 aa  46.6  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  30.59 
 
 		 261 aa  46.6  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  40.54 
 
 		 199 aa  46.6  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0884  lytic transglycosylase, catalytic  37.35 
 
 		 188 aa  46.2  0.0009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.10912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  30.59 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  30.59 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  41.03 
 
 		 200 aa  45.4  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1786  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  40 
 
 		 388 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0048651  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  30 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  30.59 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 304 aa  46.2  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>