More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2904 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  100 
 
 		 197 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  51.2 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  53.33 
 
 		 175 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  69.92 
 
 		 179 aa  185  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  49.51 
 
 		 205 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.9 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.9 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  61.34 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  48.51 
 
 		 294 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  50.82 
 
 		 263 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  46.72 
 
 		 325 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  46.76 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  46.28 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  46.61 
 
 		 249 aa  118  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  44.92 
 
 		 254 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  44.35 
 
 		 250 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  43.8 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  43.09 
 
 		 287 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  55.68 
 
 		 326 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2463  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 158 aa  88.6  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  49.46 
 
 		 158 aa  88.2  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  49.48 
 
 		 287 aa  85.5  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0066  transglycosylase SLT domain-containing protein  49.48 
 
 		 287 aa  85.1  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.683563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0077  lytic transglycosylase catalytic  49.48 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  53.57 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  51.19 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2397  lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 375 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279322  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  40.68 
 
 		 428 aa  82.8  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2103  lytic transglycosylase, catalytic  44.25 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25465  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0550  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  47.92 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  42.37 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2912  lytic murein transglycosylase  42.27 
 
 		 368 aa  78.2  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  38.1 
 
 		 277 aa  78.2  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  41.75 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2108  lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.344374 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0650  transglycosylase  47.92 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2303  lytic transglycosylase, catalytic  47.92 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.176095 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2611  Lytic transglycosylase catalytic  40.35 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  42.16 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0582  lytic transglycosylase, catalytic  44.23 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  42.16 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  39.64 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  41.67 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2871  Lytic transglycosylase catalytic  40.35 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  43.14 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  31.33 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  39.22 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  41.35 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  36.63 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  35.54 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  34.58 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  35.51 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  36.89 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  34.13 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  33.86 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  34.31 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1837  lytic transglycosylase, catalytic  40.95 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  38.61 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  38.61 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  36.96 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  37.7 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  34.31 
 
 		 261 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  33.33 
 
 		 261 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  29.77 
 
 		 261 aa  67.8  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  38.14 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  33.33 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  33.33 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  35.78 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  39.6 
 
 		 297 aa  67  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  38.38 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  36.73 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  39.6 
 
 		 297 aa  67  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  34.19 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  38.83 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  40.2 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  40.2 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  38.14 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  35.48 
 
 		 281 aa  65.5  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 261 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  34.96 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  38.94 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 261 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  38.94 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  33.33 
 
 		 261 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  33.33 
 
 		 261 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  36.08 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0495  lytic transglycosylase, catalytic  37.11 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.358787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  35.94 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  39.81 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  33.09 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>