More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2995 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 287 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  57.3 
 
 		 262 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  53.37 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  62.4 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  54.79 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  52.14 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  57.72 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  47.46 
 
 		 250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  54.17 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  52.07 
 
 		 252 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  43.8 
 
 		 205 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  37.3 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 219 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  43.09 
 
 		 197 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.06 
 
 		 214 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  43.7 
 
 		 214 aa  106  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  44.74 
 
 		 175 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  41.8 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2463  lytic transglycosylase, catalytic  40.4 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  40.86 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  35.43 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2397  lytic transglycosylase catalytic  39.53 
 
 		 375 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279322  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  38.54 
 
 		 158 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  39.53 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  31.93 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  31.93 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  33.98 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  31.93 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  35.78 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  39.36 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  33.33 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  39.36 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  31.93 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  37.25 
 
 		 709 aa  64.7  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  44.83 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2912  lytic murein transglycosylase  37.89 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  31.93 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  31.93 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  31.93 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  31.93 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  34.81 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 		 428 aa  63.2  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  36.27 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  31.93 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  32.59 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0650  transglycosylase  33.98 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2303  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.176095 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  37.62 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  38.05 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  34.51 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  39 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2611  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0582  lytic transglycosylase, catalytic  35.58 
 
 		 150 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  34.95 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0495  lytic transglycosylase, catalytic  35.11 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.358787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  32.81 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3509  lytic transglycosylase catalytic  28.47 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  39.56 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4539  lytic transglycosylase, catalytic  35.16 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  33.33 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  32.74 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  35.48 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  38.14 
 
 		 197 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 203 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0077  lytic transglycosylase catalytic  32.67 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5063  lytic transglycosylase catalytic  34.07 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2871  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 224 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 216 aa  58.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  33.08 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5136  lytic transglycosylase catalytic  31.91 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.206246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2108  lytic transglycosylase catalytic  32.14 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.344374 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  30.58 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3221  lytic transglycosylase, catalytic  31.91 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434421  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0066  transglycosylase SLT domain-containing protein  34.02 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.683563  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5146  lytic transglycosylase, catalytic  31.91 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00474071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3693  Lytic transglycosylase catalytic  32.71 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00345887  hitchhiker  0.000000358582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  34.34 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  34.92 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  30.47 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  38.79 
 
 		 158 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  36.04 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2641  lytic transglycosylase, catalytic  37.38 
 
 		 833 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  33.08 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  38.2 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  28.93 
 
 		 196 aa  57  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  33.33 
 
 		 239 aa  57  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 155 aa  57  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0262  hypothetical protein  32.71 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00447321 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  34.26 
 
 		 645 aa  56.6  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>