More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2602 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  48.78 
 
 
715 aa  652    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  92.79 
 
 
709 aa  1342    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  100 
 
 
709 aa  1447    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  43.42 
 
 
719 aa  538  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  41.57 
 
 
747 aa  521  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1311  lytic transglycosylase, catalytic  38.86 
 
 
721 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00111867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  33.95 
 
 
698 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2691  lytic transglycosylase, catalytic  27.61 
 
 
798 aa  186  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.463338  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1906  lytic transglycosylase  35.28 
 
 
750 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2058  Lytic transglycosylase catalytic  34.85 
 
 
750 aa  180  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.623161  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1973  Lytic transglycosylase catalytic  34.63 
 
 
750 aa  177  7e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1953  lytic transglycosylase catalytic  28.89 
 
 
756 aa  147  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314899  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0376  Lytic transglycosylase catalytic  27.48 
 
 
730 aa  144  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  32.47 
 
 
643 aa  140  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2239  Lytic transglycosylase catalytic  31 
 
 
729 aa  139  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3051  lytic transglycosylase, catalytic  33.44 
 
 
731 aa  138  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  27.66 
 
 
690 aa  138  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5914  Lytic transglycosylase catalytic  25.04 
 
 
797 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  26.13 
 
 
748 aa  131  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3701  Lytic transglycosylase catalytic  30.19 
 
 
730 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.236251  normal  0.218254 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2410  Lytic transglycosylase catalytic  30.19 
 
 
730 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  30.69 
 
 
661 aa  127  8.000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  32.11 
 
 
678 aa  126  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  30.87 
 
 
650 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 
735 aa  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0257  Slt family transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3314  lytic murein transglycosylase, putative  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  36.56 
 
 
739 aa  125  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2108  putative lytic murein transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3364  putative lytic murein transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0269  Slt family transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2984  putative lytic murein transglycosylase  30.56 
 
 
651 aa  125  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.270933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  35.15 
 
 
641 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  31.96 
 
 
690 aa  124  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2092  lytic transglycosylase, catalytic  31.23 
 
 
720 aa  124  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0233  lytic murein transglycosylase, putative  30.56 
 
 
651 aa  124  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  30.34 
 
 
650 aa  124  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04268  lytic murein transglycosylase, soluble  33.1 
 
 
645 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2854  Lytic transglycosylase catalytic  30.59 
 
 
724 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  33.12 
 
 
654 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  29.19 
 
 
650 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04233  hypothetical protein  33.1 
 
 
645 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  42.67 
 
 
657 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  42.67 
 
 
649 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  41.33 
 
 
642 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4628  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 
645 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6381  lytic transglycosylase, catalytic  29.24 
 
 
607 aa  120  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  39.33 
 
 
642 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1021  Lytic transglycosylase catalytic  42.76 
 
 
197 aa  120  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  39.33 
 
 
642 aa  120  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  41.33 
 
 
642 aa  120  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3053  lytic transglycosylase catalytic  28.91 
 
 
650 aa  120  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0364649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  41.33 
 
 
642 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2420  lytic transglycosylase, catalytic  28.91 
 
 
650 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3034  lytic transglycosylase, catalytic  28.91 
 
 
650 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  36.9 
 
 
660 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  29.67 
 
 
655 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  29.59 
 
 
642 aa  119  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
650 aa  118  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3029  lytic transglycosylase catalytic  29.59 
 
 
650 aa  119  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710191  normal  0.361985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4994  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4906  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4992  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4940  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.183926  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4833  lytic murein transglycosylase  33.1 
 
 
645 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  29.32 
 
 
706 aa  117  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  32.12 
 
 
663 aa  117  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3677  lytic murein transglycosylase  31.37 
 
 
641 aa  117  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.994757  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  39.18 
 
 
593 aa  116  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3871  lytic murein transglycosylase  31.65 
 
 
644 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.006684  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  39.18 
 
 
593 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1595  lytic transglycosylase, catalytic  40.12 
 
 
190 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2945  lytic transglycosylase catalytic  28.23 
 
 
650 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78067  normal  0.502179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  41.94 
 
 
776 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  31.71 
 
 
647 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2210  lytic transglycosylase catalytic  29.69 
 
 
725 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.847947  normal  0.0413346 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3079  lytic transglycosylase, catalytic  28.23 
 
 
650 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  31.91 
 
 
788 aa  115  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0219  lytic transglycosylase, catalytic  30.28 
 
 
653 aa  115  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  28 
 
 
653 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2260  Lytic transglycosylase catalytic  27.99 
 
 
763 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0200  lytic transglycosylase, catalytic  30.66 
 
 
637 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  31.71 
 
 
645 aa  114  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 
673 aa  114  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  32.24 
 
 
643 aa  114  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  40.88 
 
 
757 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  40.88 
 
 
760 aa  114  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 
663 aa  113  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4220  Lytic transglycosylase catalytic  28.74 
 
 
735 aa  114  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.11012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  40.65 
 
 
774 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  40.65 
 
 
774 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0564  lytic murein transglycosylase  42.04 
 
 
643 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0265  transglycosylase SLT domain protein  39.6 
 
 
717 aa  113  2.0000000000000002e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00304053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>