More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3375 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 272 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  79.41 
 
 		 268 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  76.52 
 
 		 231 aa  343  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  65.7 
 
 		 251 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  53.41 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  51.44 
 
 		 254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  48.85 
 
 		 242 aa  215  7e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  52 
 
 		 254 aa  214  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  50.55 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  61.8 
 
 		 241 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  48.53 
 
 		 257 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  52.99 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  56.16 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3537  lytic transglycosylase catalytic  52.21 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.401934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1198  lytic transglycosylase catalytic  52.21 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  48.26 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  61.21 
 
 		 257 aa  198  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  50.18 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0850  lytic transglycosylase, catalytic  55.98 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0266609 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  48.43 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  51.82 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  54.14 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  61.45 
 
 		 242 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7436  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  60.96 
 
 		 197 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  51.32 
 
 		 233 aa  182  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  58.43 
 
 		 276 aa  178  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  55.9 
 
 		 338 aa  175  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  54 
 
 		 265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  58.9 
 
 		 233 aa  171  7.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  44.7 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  46.86 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  60.87 
 
 		 217 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  46.74 
 
 		 223 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  50.59 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2124  Lytic transglycosylase catalytic  52.59 
 
 		 460 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0633  Lytic transglycosylase catalytic  51.85 
 
 		 439 aa  135  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0452827 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2657  lytic transglycosylase, catalytic  52.31 
 
 		 484 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.142351  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  58.54 
 
 		 251 aa  132  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  47.73 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2016  lytic transglycosylase catalytic  44.69 
 
 		 210 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0177  lytic transglycosylase, catalytic  55.81 
 
 		 120 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.683318  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  47.22 
 
 		 199 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  49.18 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  49.18 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  44.85 
 
 		 258 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 251 aa  95.9  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  44.37 
 
 		 215 aa  95.9  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  46.72 
 
 		 198 aa  95.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 		 206 aa  94.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  45.83 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  41.56 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  44.62 
 
 		 217 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  38.02 
 
 		 195 aa  91.3  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  48.31 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  47.54 
 
 		 196 aa  90.5  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  41.79 
 
 		 202 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  43.04 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  45.3 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  46.72 
 
 		 198 aa  89.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.75 
 
 		 226 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  45.74 
 
 		 207 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  43.7 
 
 		 203 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 		 333 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  47.01 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  45.83 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  47.37 
 
 		 188 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  38.56 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  43.55 
 
 		 174 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  48.36 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  38.56 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  44 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  39.2 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  41.86 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  42.31 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  44.19 
 
 		 368 aa  82.4  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 217 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  40.98 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  42.22 
 
 		 194 aa  81.3  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  42.06 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  47.41 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  37.21 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  44.12 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  37.21 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  40.62 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  40.65 
 
 		 649 aa  79.3  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  40.65 
 
 		 649 aa  79.7  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  40.62 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  41.46 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2022  lytic transglycosylase, catalytic  43.65 
 
 		 166 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  38.4 
 
 		 146 aa  78.2  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  41.09 
 
 		 206 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  40.31 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  38.93 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  40.94 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  41.27 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  43.56 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>