More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3554 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
241 aa  477  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  61.65 
 
 
254 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  64.88 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  61.8 
 
 
272 aa  208  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  70.13 
 
 
258 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  62.5 
 
 
268 aa  205  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7436  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  51.47 
 
 
197 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  55.19 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  54.17 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  49 
 
 
257 aa  199  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  65.58 
 
 
257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  61.14 
 
 
231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  49.79 
 
 
242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  52.27 
 
 
238 aa  191  8e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  48.9 
 
 
276 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  66.67 
 
 
251 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  53.01 
 
 
338 aa  186  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  66.01 
 
 
300 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  60.87 
 
 
254 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  54.35 
 
 
238 aa  181  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  49.55 
 
 
265 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  62.24 
 
 
233 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  53.36 
 
 
217 aa  178  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  60.67 
 
 
254 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0850  lytic transglycosylase, catalytic  52.75 
 
 
336 aa  176  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0266609 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  52.06 
 
 
240 aa  175  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3537  lytic transglycosylase catalytic  61.29 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.401934  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1198  lytic transglycosylase catalytic  61.29 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  51.08 
 
 
261 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  56.58 
 
 
233 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  62.5 
 
 
242 aa  159  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  59.54 
 
 
276 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  47.03 
 
 
223 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  58.27 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0633  Lytic transglycosylase catalytic  54.62 
 
 
439 aa  145  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0452827 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  50.29 
 
 
262 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2124  Lytic transglycosylase catalytic  50.76 
 
 
460 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2657  lytic transglycosylase, catalytic  54.03 
 
 
484 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.142351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0177  lytic transglycosylase, catalytic  58.2 
 
 
120 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.683318  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  45.41 
 
 
234 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2016  lytic transglycosylase catalytic  53.66 
 
 
210 aa  125  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272435  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  48.31 
 
 
233 aa  90.5  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  49.57 
 
 
245 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  43.05 
 
 
207 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  43.61 
 
 
195 aa  86.3  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 
206 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  41.43 
 
 
199 aa  85.9  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  41.41 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  46.15 
 
 
278 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.93 
 
 
251 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 
203 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  41.38 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  42.02 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  40.74 
 
 
209 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  41.41 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  42.02 
 
 
260 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  38.98 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  43.7 
 
 
217 aa  79.3  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  40.62 
 
 
291 aa  78.6  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 
282 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  45.3 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  45.22 
 
 
438 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  40.52 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  41.91 
 
 
198 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  41.13 
 
 
237 aa  77  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  35.86 
 
 
211 aa  77.4  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  41.88 
 
 
206 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  39.85 
 
 
189 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.06 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  42.02 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  41.54 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  38.03 
 
 
246 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  40.77 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  38.93 
 
 
299 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  45.08 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  39.42 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  42.02 
 
 
196 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  38.93 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  38.66 
 
 
198 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  38.26 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  38.64 
 
 
247 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 
280 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  38.66 
 
 
196 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  37.86 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  43.44 
 
 
194 aa  73.2  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  41.03 
 
 
241 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  40.98 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  46.32 
 
 
209 aa  72.4  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  43.1 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2967  Lytic transglycosylase catalytic  39.13 
 
 
451 aa  72  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.335517  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  39.23 
 
 
340 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.4 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  37.12 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  40.52 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  40.65 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  38.93 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>