More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0137 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 231 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  80.09 
 
 		 268 aa  349  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  76.52 
 
 		 272 aa  331  7.000000000000001e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  65.48 
 
 		 251 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  60 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  57.6 
 
 		 254 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  57.21 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  56.68 
 
 		 240 aa  211  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  61.62 
 
 		 254 aa  211  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  51 
 
 		 257 aa  205  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  56.22 
 
 		 254 aa  205  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  61.14 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  64 
 
 		 258 aa  198  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  64.29 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  49.79 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1198  lytic transglycosylase catalytic  58.82 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3537  lytic transglycosylase catalytic  58.82 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.401934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  58.06 
 
 		 257 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0850  lytic transglycosylase, catalytic  59.76 
 
 		 336 aa  186  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0266609 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  65.36 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  56.52 
 
 		 238 aa  181  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7436  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  60.96 
 
 		 197 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  58.23 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  57.06 
 
 		 276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  56.86 
 
 		 338 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 217 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  60.93 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  55.62 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  61.33 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  53.04 
 
 		 265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  50.82 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  52.38 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  55.15 
 
 		 261 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2124  Lytic transglycosylase catalytic  53.62 
 
 		 460 aa  143  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  49.38 
 
 		 276 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0633  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 439 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0452827 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2657  lytic transglycosylase, catalytic  53.44 
 
 		 484 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.142351  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  56 
 
 		 251 aa  128  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  47.22 
 
 		 234 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0177  lytic transglycosylase, catalytic  61.26 
 
 		 120 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.683318  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2016  lytic transglycosylase catalytic  50.38 
 
 		 210 aa  121  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  47.06 
 
 		 260 aa  94.4  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  45.24 
 
 		 206 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  47.06 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  38.99 
 
 		 258 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  43.31 
 
 		 202 aa  90.5  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  43.7 
 
 		 251 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  38.89 
 
 		 278 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  43.61 
 
 		 217 aa  89.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  45.8 
 
 		 271 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  45.3 
 
 		 241 aa  89  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  41.96 
 
 		 199 aa  87.8  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  49.14 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  42.22 
 
 		 203 aa  87  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 		 233 aa  87  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  41.73 
 
 		 282 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  44.54 
 
 		 198 aa  86.3  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  47.01 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  40.97 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  44.54 
 
 		 196 aa  85.1  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  41.27 
 
 		 211 aa  85.1  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  41.72 
 
 		 215 aa  85.1  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  43.2 
 
 		 174 aa  85.1  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  43.2 
 
 		 198 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  42.31 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  45 
 
 		 191 aa  84.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  45.31 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  44.19 
 
 		 438 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  41.09 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  41.54 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.26 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  44.17 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  48.18 
 
 		 188 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  41.13 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  42.19 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  44.72 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  39.72 
 
 		 370 aa  78.2  0.00000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  39.06 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  38.76 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  42.54 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  44.12 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  37.21 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  38.3 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  44.25 
 
 		 333 aa  75.9  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0006  lytic transglycosylase, catalytic  42.31 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  43.56 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  40.98 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  40.8 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  46.85 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  41.07 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  42.37 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  40.37 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  48.45 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>