216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2071 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2071  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 388 aa  779    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.805165  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1698  type II/III secretion system protein  42.89 
 
 		 406 aa  327  3e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2981  Type II secretory pathway, component PulD  35.4 
 
 		 394 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0281289  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3908  Type II secretory pathway, component PulD  32.04 
 
 		 448 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.297112  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3269  phage-related secreted protein  32.84 
 
 		 460 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1457  type II and III secretion system protein  31.93 
 
 		 395 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.447998  normal  0.0646338 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  30.47 
 
 		 711 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 		 752 aa  87  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 681 aa  85.9  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  24.91 
 
 		 829 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  28.45 
 
 		 733 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  26.4 
 
 		 696 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  23.6 
 
 		 819 aa  75.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  23.31 
 
 		 720 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  23.16 
 
 		 794 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  23.36 
 
 		 797 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  25.83 
 
 		 784 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  26.61 
 
 		 756 aa  70.5  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  27.07 
 
 		 751 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  24.72 
 
 		 779 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  26.34 
 
 		 868 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.09 
 
 		 675 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  26.34 
 
 		 870 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  26.2 
 
 		 796 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.97 
 
 		 672 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  23.56 
 
 		 833 aa  63.9  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 640 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 640 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  29.94 
 
 		 656 aa  63.2  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  25.41 
 
 		 773 aa  63.2  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  29.17 
 
 		 673 aa  62.8  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  26.4 
 
 		 658 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  25.35 
 
 		 632 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  27.72 
 
 		 763 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  26.19 
 
 		 640 aa  62  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  27.43 
 
 		 657 aa  62  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  23.6 
 
 		 801 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  27.78 
 
 		 686 aa  61.6  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  23.6 
 
 		 803 aa  62  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  25.37 
 
 		 793 aa  62  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.78 
 
 		 776 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  27.32 
 
 		 780 aa  60.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  28.92 
 
 		 625 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  22.51 
 
 		 670 aa  59.7  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  28.48 
 
 		 487 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  28.14 
 
 		 621 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  24.26 
 
 		 812 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  28.31 
 
 		 621 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  25.1 
 
 		 655 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  25.56 
 
 		 653 aa  58.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  28.31 
 
 		 621 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  26.86 
 
 		 799 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  28.48 
 
 		 484 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  27.27 
 
 		 754 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  25.4 
 
 		 822 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  34.92 
 
 		 689 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  26.62 
 
 		 733 aa  57.4  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 700 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 		 700 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.44 
 
 		 745 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  21.5 
 
 		 602 aa  56.6  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  23.55 
 
 		 696 aa  56.6  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  29.51 
 
 		 474 aa  56.6  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  22.92 
 
 		 635 aa  56.2  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  24.91 
 
 		 702 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  21.43 
 
 		 751 aa  55.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  26.02 
 
 		 667 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  28.31 
 
 		 615 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  22.1 
 
 		 767 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 764 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  33.59 
 
 		 681 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  28.98 
 
 		 495 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.3 
 
 		 697 aa  54.7  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  21.95 
 
 		 716 aa  54.7  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  27.54 
 
 		 662 aa  54.7  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  25.67 
 
 		 734 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1265  type II and III secretion system protein  32.46 
 
 		 1519 aa  54.7  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00244048  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  22.41 
 
 		 655 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  27.01 
 
 		 769 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  27.17 
 
 		 667 aa  53.5  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  24.41 
 
 		 705 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  26.22 
 
 		 614 aa  53.5  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  22.49 
 
 		 641 aa  53.5  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  24.52 
 
 		 703 aa  53.1  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  25.84 
 
 		 674 aa  53.1  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  25.6 
 
 		 749 aa  53.1  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0836  type II and III secretion system protein  24.19 
 
 		 1282 aa  53.1  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000934463  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  28.36 
 
 		 703 aa  53.1  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  28.57 
 
 		 686 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  24.3 
 
 		 650 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  24.82 
 
 		 704 aa  52.4  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  24.35 
 
 		 783 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  25.1 
 
 		 706 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  24.3 
 
 		 654 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  28.57 
 
 		 686 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 		 705 aa  52.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  22.14 
 
 		 772 aa  52.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 686 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  24.22 
 
 		 490 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  28.57 
 
 		 686 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>