More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1838 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1838  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  395  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20070  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 205 aa  84.7  8e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  22.51 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  26.18 
 
 		 190 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0242  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 333 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  24.31 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5683  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.17527  hitchhiker  0.003772 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  20.77 
 
 		 215 aa  53.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 248 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 208 aa  52.4  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0594  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 210 aa  51.6  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  26.13 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 231 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4491  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.573623 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.78 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  23.47 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  31.31 
 
 		 199 aa  49.7  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 214 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  20.98 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 208 aa  49.3  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  20.86 
 
 		 191 aa  48.9  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  32.26 
 
 		 227 aa  49.3  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 226 aa  49.3  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  48 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 200 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 212 aa  48.5  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  30.09 
 
 		 199 aa  48.5  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  21.54 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 125 aa  48.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  48.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 236 aa  48.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 227 aa  48.5  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 196 aa  48.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 		 206 aa  48.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 230 aa  48.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 204 aa  47.8  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 215 aa  48.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 204 aa  48.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 213 aa  47.8  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  24.55 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  30.11 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  24.73 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0026  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 215 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  22.88 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5095  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.666558  normal  0.638711 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  21.12 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  21.15 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>