118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3552 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  100 
 
 		 235 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4047  transcriptional regulator, TetR family  47.44 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  42.76 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 230 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  33.11 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  23.14 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 234 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 223 aa  53.1  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 224 aa  52.8  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 249 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 223 aa  52  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  40.24 
 
 		 219 aa  52  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  36.26 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 231 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1838  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  23.77 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 206 aa  51.2  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 271 aa  50.4  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  29.51 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  26.84 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 272 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  26.84 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  26.84 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 228 aa  49.7  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  28.69 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  33.06 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 207 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 226 aa  48.5  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  28.93 
 
 		 222 aa  48.5  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1952  regulatory protein TetR  25.49 
 
 		 241 aa  48.5  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  30.19 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 285 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  25.19 
 
 		 304 aa  47  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  24.6 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 211 aa  46.2  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 192 aa  45.8  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  35.62 
 
 		 221 aa  45.8  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 185 aa  45.8  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  39.34 
 
 		 214 aa  45.4  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 240 aa  45.1  0.0009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 223 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 196 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3334  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 185 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 267 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 173 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 268 aa  43.9  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0039  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 213 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 239 aa  43.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 185 aa  43.5  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 214 aa  43.5  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>