More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5408 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  54.11 
 
 		 901 aa  837    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  61.9 
 
 		 906 aa  1047    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 953 aa  1893    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  35.77 
 
 		 928 aa  431  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  34.28 
 
 		 972 aa  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  32.25 
 
 		 961 aa  369  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 966 aa  349  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  31.39 
 
 		 956 aa  348  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 954 aa  340  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  32.16 
 
 		 946 aa  336  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 959 aa  327  6e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 950 aa  327  7e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 1001 aa  327  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  31.74 
 
 		 1010 aa  324  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  32.23 
 
 		 950 aa  323  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 922 aa  323  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 877 aa  317  9e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.04 
 
 		 1014 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 973 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 921 aa  298  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 973 aa  296  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 973 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  39.65 
 
 		 601 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 591 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  39.83 
 
 		 601 aa  283  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  39.83 
 
 		 601 aa  283  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 591 aa  278  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 618 aa  259  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  38.84 
 
 		 468 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 490 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  38.09 
 
 		 481 aa  250  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  37.47 
 
 		 948 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 658 aa  249  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  36.97 
 
 		 948 aa  231  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  37.58 
 
 		 1085 aa  231  7e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.98 
 
 		 504 aa  221  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 1137 aa  220  1e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  35 
 
 		 493 aa  217  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  38.87 
 
 		 502 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  43.63 
 
 		 1056 aa  215  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  35.08 
 
 		 493 aa  213  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  35.08 
 
 		 493 aa  213  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  38.68 
 
 		 1049 aa  213  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  31.06 
 
 		 701 aa  212  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  39.9 
 
 		 1042 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  36.38 
 
 		 1087 aa  208  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 882 aa  206  2e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  35.67 
 
 		 1050 aa  203  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  40 
 
 		 887 aa  201  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  37.38 
 
 		 1119 aa  200  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  34.95 
 
 		 776 aa  199  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  39.78 
 
 		 1058 aa  196  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  41.09 
 
 		 1093 aa  195  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  30.86 
 
 		 792 aa  195  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  36.17 
 
 		 957 aa  195  4e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  39.17 
 
 		 1110 aa  194  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  36.22 
 
 		 960 aa  192  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  38.44 
 
 		 952 aa  192  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 1058 aa  192  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 1085 aa  192  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 888 aa  190  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 1066 aa  189  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  39.77 
 
 		 1043 aa  188  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  38.13 
 
 		 840 aa  188  5e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  39.11 
 
 		 1072 aa  186  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  30.74 
 
 		 765 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  36.61 
 
 		 824 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  38.32 
 
 		 1060 aa  184  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  37.24 
 
 		 916 aa  183  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  31.57 
 
 		 1100 aa  183  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4657  transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 1076 aa  182  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  35.98 
 
 		 1094 aa  182  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  34.98 
 
 		 1092 aa  181  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  35.83 
 
 		 799 aa  180  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 781 aa  180  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  33.71 
 
 		 1102 aa  179  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  37.68 
 
 		 943 aa  179  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 886 aa  177  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 775 aa  177  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 901 aa  176  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  26.81 
 
 		 816 aa  176  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  38.72 
 
 		 1055 aa  175  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  36.26 
 
 		 827 aa  174  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  33.68 
 
 		 1125 aa  174  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  32.46 
 
 		 999 aa  173  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  40.22 
 
 		 1036 aa  173  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 1227 aa  173  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 814 aa  171  6e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  29.15 
 
 		 975 aa  171  8e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 1097 aa  170  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1058  protein kinase  33.26 
 
 		 678 aa  170  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  34.03 
 
 		 760 aa  165  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  35.05 
 
 		 768 aa  165  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  35.4 
 
 		 1141 aa  163  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3572  transcriptional regulator, LuxR family  38.92 
 
 		 914 aa  161  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  34.1 
 
 		 931 aa  161  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  34.53 
 
 		 755 aa  160  9e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 1082 aa  160  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  37.43 
 
 		 818 aa  159  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  36.18 
 
 		 1049 aa  159  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>