165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6429 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  100 
 
 		 553 aa  1132    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.14 
 
 		 708 aa  143  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  25.23 
 
 		 715 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  24.83 
 
 		 724 aa  133  6.999999999999999e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.46 
 
 		 660 aa  128  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  24.71 
 
 		 707 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.11 
 
 		 726 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.47 
 
 		 258 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1714  ATP-binding region ATPase domain protein  25.92 
 
 		 666 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84327  hitchhiker  0.000293695 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  24.87 
 
 		 566 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  25.48 
 
 		 677 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  24.13 
 
 		 730 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  21.06 
 
 		 716 aa  108  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  24.41 
 
 		 795 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  24.5 
 
 		 668 aa  102  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 		 867 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.96 
 
 		 644 aa  100  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 		 663 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  33 
 
 		 251 aa  98.6  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.98 
 
 		 782 aa  97.4  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  24.62 
 
 		 611 aa  97.1  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  25.26 
 
 		 565 aa  96.3  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  23.09 
 
 		 612 aa  96.3  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 		 662 aa  94.7  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 		 662 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.1 
 
 		 636 aa  92.8  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  22.89 
 
 		 603 aa  92.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  21.95 
 
 		 696 aa  92.8  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.2 
 
 		 914 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3468  sensor histidine kinase  23.32 
 
 		 651 aa  90.9  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.88 
 
 		 662 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.77 
 
 		 802 aa  89  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  20.82 
 
 		 642 aa  87.4  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  24.28 
 
 		 627 aa  87  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  33.06 
 
 		 259 aa  86.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  24.15 
 
 		 918 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.16 
 
 		 853 aa  85.5  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  23.02 
 
 		 638 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  23.31 
 
 		 614 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  23.96 
 
 		 914 aa  85.1  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  37.5 
 
 		 240 aa  85.1  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  23.21 
 
 		 564 aa  84  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.62 
 
 		 600 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  23.99 
 
 		 588 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1654  chromosome segregation ATPase; intracellular signalling protein  23.23 
 
 		 596 aa  83.2  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.353113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  22.27 
 
 		 631 aa  82.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.79 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  21.3 
 
 		 630 aa  81.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0992  two-component sensor histidine kinase  21.59 
 
 		 696 aa  80.5  0.00000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0439814  normal  0.153335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  23.1 
 
 		 918 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  21.91 
 
 		 578 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.38 
 
 		 634 aa  77.8  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2267  hypothetical protein  21.83 
 
 		 590 aa  77.4  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.22249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.91 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.02 
 
 		 749 aa  75.5  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.45 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  22.78 
 
 		 629 aa  73.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  21.83 
 
 		 1042 aa  73.6  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  23.99 
 
 		 601 aa  73.6  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.92 
 
 		 251 aa  72.8  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  38.24 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.32 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 139 aa  70.9  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.69 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  20.94 
 
 		 631 aa  70.5  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 247 aa  68.6  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0100  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.52 
 
 		 1182 aa  67.8  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  24.07 
 
 		 673 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 250 aa  66.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.35 
 
 		 1045 aa  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.8 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  23.25 
 
 		 570 aa  65.1  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  35.05 
 
 		 143 aa  64.7  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3338  hypothetical protein  23.28 
 
 		 641 aa  63.5  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0108944 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  22.41 
 
 		 629 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  23.12 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  22.75 
 
 		 577 aa  61.2  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  22.77 
 
 		 506 aa  60.5  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  21.93 
 
 		 631 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 518 aa  60.1  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.29 
 
 		 253 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3414  diverse 7TM receptor, extracellular region 2  21.71 
 
 		 560 aa  58.9  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2395  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.61 
 
 		 686 aa  58.2  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000161382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  25.12 
 
 		 622 aa  58.2  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 245 aa  56.6  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1222  signal transduction histidine kinase  20.23 
 
 		 650 aa  57  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.495402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.92 
 
 		 288 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  21.93 
 
 		 596 aa  54.3  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  21.31 
 
 		 634 aa  53.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  22.95 
 
 		 557 aa  53.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  21.83 
 
 		 628 aa  53.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1190  histidine kinase  25.49 
 
 		 646 aa  53.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.12 
 
 		 257 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  22.58 
 
 		 565 aa  52.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  21.49 
 
 		 596 aa  52.8  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 285 aa  51.6  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  20.42 
 
 		 624 aa  51.6  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1061  diguanylate cyclase  24.54 
 
 		 632 aa  51.6  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.656983 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.15 
 
 		 237 aa  51.6  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1562  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.16 
 
 		 680 aa  51.2  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.327156  normal  0.581936 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>