More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1061 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1061  diguanylate cyclase  100 
 
 
632 aa  1275    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.656983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0923  diguanylate cyclase  28.92 
 
 
609 aa  179  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  24.42 
 
 
614 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  26.37 
 
 
795 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
662 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
662 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  22.75 
 
 
618 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.49 
 
 
708 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  22.29 
 
 
588 aa  107  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.2 
 
 
601 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  21.22 
 
 
630 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  23.8 
 
 
596 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
662 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.9 
 
 
596 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  23.67 
 
 
638 aa  102  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.8 
 
 
853 aa  101  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 
663 aa  101  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  20.52 
 
 
631 aa  100  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.95 
 
 
802 aa  100  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3414  diverse 7TM receptor, extracellular region 2  27.96 
 
 
560 aa  99  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.3 
 
 
564 aa  99.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  22.93 
 
 
612 aa  98.2  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  24.3 
 
 
726 aa  97.1  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  24.08 
 
 
782 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6490  ATP-binding region ATPase domain protein  22.81 
 
 
636 aa  95.9  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  23.71 
 
 
668 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  23.53 
 
 
634 aa  91.7  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  24.5 
 
 
627 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  24.38 
 
 
677 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  23.32 
 
 
603 aa  90.1  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1654  chromosome segregation ATPase; intracellular signalling protein  20.58 
 
 
596 aa  89.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.353113  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  21.66 
 
 
636 aa  87.4  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 
867 aa  84.3  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.52 
 
 
570 aa  84  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  22.37 
 
 
622 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  21.87 
 
 
716 aa  82.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  19.25 
 
 
715 aa  82  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 
1107 aa  79  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  25 
 
 
561 aa  79  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.01 
 
 
914 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.7 
 
 
749 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.01 
 
 
634 aa  77.8  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  21.38 
 
 
565 aa  77.4  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  21.9 
 
 
629 aa  77.4  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  28.74 
 
 
432 aa  76.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  23.21 
 
 
696 aa  75.5  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.21 
 
 
642 aa  74.7  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  29.05 
 
 
921 aa  74.3  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  23.13 
 
 
578 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  20.86 
 
 
707 aa  73.6  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0337  EAL/GGDEF domain-containing protein  27.14 
 
 
490 aa  72.4  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.622356  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 
960 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0947  diguanylate cyclase  33.81 
 
 
714 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.903588  normal  0.0137275 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.81 
 
 
714 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  27.92 
 
 
1141 aa  71.6  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 
685 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 
862 aa  70.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  21.17 
 
 
628 aa  70.9  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  22.44 
 
 
629 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  24.7 
 
 
1025 aa  70.9  0.00000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  21.09 
 
 
611 aa  70.1  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 
884 aa  69.7  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
955 aa  68.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.74 
 
 
855 aa  69.3  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
695 aa  69.3  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  22.75 
 
 
324 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  25 
 
 
577 aa  69.7  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  19.49 
 
 
631 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.23 
 
 
840 aa  69.3  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.95 
 
 
1045 aa  68.2  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  20.61 
 
 
631 aa  67.8  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.72 
 
 
1082 aa  67.4  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.97 
 
 
1066 aa  67.4  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
925 aa  67  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.59 
 
 
1147 aa  67  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1839  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.22 
 
 
763 aa  65.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.338108 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
695 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.76 
 
 
944 aa  65.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
695 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.26 
 
 
844 aa  66.2  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.82 
 
 
568 aa  65.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.41 
 
 
577 aa  65.1  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  22.64 
 
 
557 aa  65.5  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.56 
 
 
1094 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.18 
 
 
780 aa  65.9  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 
610 aa  65.1  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.66295  normal  0.802083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.54 
 
 
506 aa  64.7  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.11 
 
 
554 aa  65.1  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  25.77 
 
 
429 aa  65.1  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 
757 aa  65.1  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.18 
 
 
950 aa  64.7  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  20.68 
 
 
918 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.5 
 
 
467 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.88 
 
 
745 aa  64.3  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  19.22 
 
 
625 aa  64.3  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.27 
 
 
951 aa  64.3  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.065238  normal  0.870771 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.75 
 
 
638 aa  64.3  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 
591 aa  64.3  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.93 
 
 
718 aa  63.9  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.73 
 
 
721 aa  63.9  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>