More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5645 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 248 aa  500  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.2 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  55.69 
 
 		 254 aa  279  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  43.25 
 
 		 251 aa  184  9e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.96 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.4 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  36.03 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.04 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  38.33 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  37.35 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.75 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.65 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  37.08 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.54 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.26 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.92 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.27 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  32 
 
 		 240 aa  122  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  32.39 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.73 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.88 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.47 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.13 
 
 		 265 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.59 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  32.24 
 
 		 237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.15 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.3 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.4 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  29.29 
 
 		 280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  29.02 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.51 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 317 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 253 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.48 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.38 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.29 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.29 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  31.01 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.86 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.29 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.28 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.42 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.69 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  31.4 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  32.71 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  30.62 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.33 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  30.74 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  31.01 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  31.01 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  31.01 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  31.01 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 235 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 265 aa  101  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.23 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.94 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  30.45 
 
 		 229 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.27 
 
 		 266 aa  99  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  30.15 
 
 		 254 aa  99  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.79 
 
 		 254 aa  99  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 240 aa  98.6  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.1 
 
 		 275 aa  98.6  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.6 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.07 
 
 		 236 aa  97.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 244 aa  97.8  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 224 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.67 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.93 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.85 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  30.61 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  26.64 
 
 		 276 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  30.63 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  33.33 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  28.69 
 
 		 245 aa  96.3  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  95.1  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  28.63 
 
 		 261 aa  94.4  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.08 
 
 		 237 aa  93.6  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 270 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.91 
 
 		 253 aa  94  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.53 
 
 		 238 aa  94.4  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.69 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.24 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 245 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.55 
 
 		 237 aa  93.2  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.25 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  30.04 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>