More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4524 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 240 aa  489  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  58.09 
 
 		 240 aa  304  9.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  52.52 
 
 		 245 aa  275  5e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  38.3 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.6 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  41.63 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.05 
 
 		 243 aa  188  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.53 
 
 		 237 aa  187  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.87 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  37.86 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.91 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.6 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.12 
 
 		 235 aa  175  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.86 
 
 		 244 aa  172  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.33 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  34.89 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.82 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.82 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  37.78 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  35.47 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.46 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  35.59 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.59 
 
 		 241 aa  155  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.77 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.79 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.34 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.43 
 
 		 254 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.22 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.99 
 
 		 249 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.35 
 
 		 232 aa  148  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 256 aa  144  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.49 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 250 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  31.65 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 229 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 242 aa  142  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.06 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.93 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  30.67 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  33.7 
 
 		 275 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.21 
 
 		 272 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  30.96 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  32.63 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34 
 
 		 255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.38 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35 
 
 		 253 aa  128  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.51 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.54 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  29.46 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 258 aa  125  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.49 
 
 		 242 aa  125  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.02 
 
 		 265 aa  125  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  28.99 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.64 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.41 
 
 		 237 aa  121  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  28.88 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  30.77 
 
 		 248 aa  119  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  32.6 
 
 		 235 aa  119  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  31.53 
 
 		 229 aa  118  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.05 
 
 		 260 aa  118  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.89 
 
 		 276 aa  118  9e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  28.63 
 
 		 260 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  30.99 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  32.91 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  29.74 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  32.7 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  30.5 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  31.54 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.17 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.19 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.11 
 
 		 281 aa  116  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>