More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6623 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 258 aa  535  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.61 
 
 		 248 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  40.94 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.62 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.87 
 
 		 253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.89 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.94 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  37.45 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.62 
 
 		 251 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.96 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  37.75 
 
 		 243 aa  171  7.999999999999999e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.86 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.54 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  35.06 
 
 		 240 aa  152  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 251 aa  137  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  32.53 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  34.47 
 
 		 553 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.61 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  30.35 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  32.16 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.86 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  29.08 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 317 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 254 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  30.57 
 
 		 273 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 261 aa  111  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  31.38 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  27.94 
 
 		 268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  30.59 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30.33 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  28.46 
 
 		 242 aa  109  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.06 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.43 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  28.85 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  32.91 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.48 
 
 		 266 aa  105  7e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  32.47 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.81 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  26.72 
 
 		 249 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.23 
 
 		 261 aa  102  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.73 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  26.69 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.17 
 
 		 236 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 254 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.93 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.34 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.84 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.91 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  28.11 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.79 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.63 
 
 		 239 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  32.02 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.29 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  27.13 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.59 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  26.21 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.34 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 252 aa  99.8  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.4 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  26.85 
 
 		 282 aa  99.8  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  27.8 
 
 		 275 aa  99  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 255 aa  99.4  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.04 
 
 		 268 aa  99.4  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  27.17 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29 
 
 		 260 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  27.45 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.08 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.38 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.4 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  28.68 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.46 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 245 aa  96.7  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.34 
 
 		 261 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.64 
 
 		 240 aa  95.5  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.42 
 
 		 277 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.8 
 
 		 237 aa  95.5  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  28.08 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.32 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.42 
 
 		 251 aa  95.1  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  28.08 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  27.86 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.05 
 
 		 257 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.73 
 
 		 232 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.4 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>