More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2974 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  540  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  80.67 
 
 		 268 aa  441  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  78.07 
 
 		 265 aa  423  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  44.09 
 
 		 280 aa  242  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  45.66 
 
 		 275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  44.28 
 
 		 272 aa  228  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  45.19 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  43.32 
 
 		 275 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  42.86 
 
 		 265 aa  209  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  38.4 
 
 		 268 aa  192  5e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  38.49 
 
 		 276 aa  183  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.93 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 254 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  36.02 
 
 		 276 aa  175  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.96 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  35.36 
 
 		 268 aa  169  6e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 317 aa  168  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 246 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  35.98 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  37.97 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.4 
 
 		 257 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  34.77 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  37.88 
 
 		 257 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 242 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.86 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  33.08 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  30.71 
 
 		 243 aa  139  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  34.24 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.85 
 
 		 260 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.42 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  31.3 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.58 
 
 		 261 aa  132  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 273 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  33.46 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  31.4 
 
 		 245 aa  132  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.68 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.1 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.5 
 
 		 261 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.55 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.92 
 
 		 265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.26 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  32.55 
 
 		 249 aa  128  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 236 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.89 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.94 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.82 
 
 		 249 aa  125  7e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.8 
 
 		 237 aa  125  8.000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  32.72 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 235 aa  123  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 275 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.69 
 
 		 256 aa  122  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.94 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  122  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.32 
 
 		 241 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  33.73 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.23 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  32.44 
 
 		 237 aa  120  3e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.86 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.47 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  29.73 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  30.62 
 
 		 237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.59 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  30.47 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 243 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>