More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3900 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 261 aa  535  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.69 
 
 		 246 aa  172  6.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  37.96 
 
 		 272 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  36.06 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.69 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  36.3 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  35.79 
 
 		 276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  34.69 
 
 		 275 aa  161  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  36.63 
 
 		 265 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  37.97 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 268 aa  153  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  34.98 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.95 
 
 		 244 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  34.47 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  35.91 
 
 		 242 aa  141  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 258 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  37.99 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.64 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 262 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  31.8 
 
 		 249 aa  135  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.9 
 
 		 265 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.58 
 
 		 260 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  35.27 
 
 		 257 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  35.65 
 
 		 260 aa  131  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.75 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 240 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.43 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 317 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  33.47 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 254 aa  125  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.42 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 252 aa  125  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 239 aa  125  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 276 aa  125  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.27 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.8 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.74 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  46.4 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  31.39 
 
 		 251 aa  123  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  43.61 
 
 		 237 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  33.19 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  33.19 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  33.19 
 
 		 269 aa  122  9e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.98 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.84 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.62 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  46.51 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  49.55 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  34.84 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.36 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.82 
 
 		 237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.52 
 
 		 268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.77 
 
 		 244 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  28.68 
 
 		 254 aa  119  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.47 
 
 		 261 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  44.44 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  33.19 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  33.62 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  34.03 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  45.24 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.48 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.48 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.48 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.48 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  50.88 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  48.25 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.92 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  30.8 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.48 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  44.44 
 
 		 236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  44.44 
 
 		 236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>