More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3613 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 281 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  63.93 
 
 		 276 aa  326  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  60 
 
 		 282 aa  309  4e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  62.32 
 
 		 276 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2262  LytTR family two component transcriptional regulator  58.66 
 
 		 269 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0894174 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1148  response regulator receiver protein  62.4 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.33 
 
 		 277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  48.57 
 
 		 270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.98 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 273 aa  211  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  44.44 
 
 		 273 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  38.87 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  40.21 
 
 		 279 aa  185  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.52 
 
 		 256 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 263 aa  182  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  39.24 
 
 		 263 aa  178  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  40.57 
 
 		 243 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  41.01 
 
 		 243 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.75 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  34.41 
 
 		 268 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.87 
 
 		 257 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 266 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 265 aa  122  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  28.98 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.3 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.74 
 
 		 275 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  29.9 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  28.94 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.08 
 
 		 266 aa  116  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  31.09 
 
 		 252 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.3 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.87 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  30.71 
 
 		 252 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  29.96 
 
 		 245 aa  112  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  30.11 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.97 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.97 
 
 		 248 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.59 
 
 		 265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.01 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.56 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  28.41 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34 
 
 		 244 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.59 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.18 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  32.82 
 
 		 248 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 260 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 252 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  32.71 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  32.57 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  32.71 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  32.58 
 
 		 243 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  32.44 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.12 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1373  DNA-binding response regulator  46.34 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.04 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 245 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.48 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1458  DNA-binding response regulator  46.72 
 
 		 140 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 247 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  32.7 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.11 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 247 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  32.51 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.89 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.82 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.57 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 253 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 252 aa  99.4  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0192  response regulator  49.48 
 
 		 101 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.486416  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0468  response regulator  49.48 
 
 		 101 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.949813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1459  response regulator  49.48 
 
 		 101 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  28.1 
 
 		 260 aa  99.4  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.6 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.73 
 
 		 257 aa  99  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 254 aa  99  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.85 
 
 		 238 aa  98.6  9e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.45 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  32.12 
 
 		 254 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  30.92 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3546  LytR/AlgR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 218 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.379534 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  31.12 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 240 aa  96.3  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 254 aa  95.9  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 243 aa  95.9  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.78 
 
 		 241 aa  95.5  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  26.89 
 
 		 245 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  40.32 
 
 		 236 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.16 
 
 		 242 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>