More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0374 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 242 aa  491  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.38 
 
 		 244 aa  311  5.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  63.52 
 
 		 245 aa  306  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 246 aa  269  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  44.76 
 
 		 249 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.08 
 
 		 243 aa  223  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  42.42 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  38.93 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.03 
 
 		 257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  34.65 
 
 		 268 aa  159  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.8 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.09 
 
 		 237 aa  155  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  37.35 
 
 		 237 aa  151  8.999999999999999e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.25 
 
 		 257 aa  151  8.999999999999999e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 265 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.84 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  36.93 
 
 		 268 aa  149  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.69 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 266 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.55 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.47 
 
 		 265 aa  143  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 252 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2452  putative two-component response-regulatory protein YehT  39.08 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0310324  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.84 
 
 		 272 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004414  response regulator of the LytR/AlgR family  37.25 
 
 		 242 aa  141  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.15 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.31 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  36.47 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.25 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.25 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.25 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.25 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  34.02 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.25 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.83 
 
 		 260 aa  139  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.33 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.6 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.68 
 
 		 244 aa  136  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  38.34 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.48 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  35 
 
 		 231 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.27 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.94 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.39 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.6 
 
 		 241 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.2 
 
 		 268 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 262 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  32.85 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  31.97 
 
 		 275 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  131  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.55 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.07 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  30.49 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.54 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  32.28 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  33.87 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.43 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 266 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.07 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.45 
 
 		 251 aa  129  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  33.87 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.22 
 
 		 239 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  35.04 
 
 		 251 aa  129  6e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.55 
 
 		 280 aa  128  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.9 
 
 		 281 aa  128  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.4 
 
 		 265 aa  128  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.77 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.96 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  33.74 
 
 		 252 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  32.79 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  36.07 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 231 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>