More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4382 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  554  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  74.09 
 
 		 275 aa  407  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  45.52 
 
 		 265 aa  259  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  42.45 
 
 		 272 aa  232  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  45.19 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  39.34 
 
 		 275 aa  222  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  44.61 
 
 		 268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 265 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  40.58 
 
 		 280 aa  211  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 276 aa  182  6e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 253 aa  175  7e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 268 aa  174  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  35.58 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.96 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  35.87 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  36.06 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  32.69 
 
 		 260 aa  158  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 255 aa  156  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.21 
 
 		 246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.21 
 
 		 244 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.32 
 
 		 245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 244 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 273 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 257 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.75 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.34 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  31.11 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 240 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 252 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.47 
 
 		 249 aa  132  5e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  31.48 
 
 		 273 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  34.59 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.33 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.82 
 
 		 275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.25 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.67 
 
 		 268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.09 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  29.52 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 246 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.11 
 
 		 261 aa  126  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30.45 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 245 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.54 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.45 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.71 
 
 		 239 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  31.64 
 
 		 270 aa  122  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 255 aa  122  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  32.83 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 237 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  32.83 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  30.88 
 
 		 249 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.75 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.85 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.33 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  28.99 
 
 		 276 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.33 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  31.11 
 
 		 246 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.68 
 
 		 260 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  31.37 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  30 
 
 		 252 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  30.74 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  30.74 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  30.74 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  30.74 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.74 
 
 		 246 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  31 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.44 
 
 		 251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.48 
 
 		 236 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.37 
 
 		 246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.79 
 
 		 237 aa  115  1.0000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  33.33 
 
 		 241 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.51 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.64 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.2 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.2 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  30.71 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>