More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0671 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 251 aa  513  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.94 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.46 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  38.13 
 
 		 251 aa  185  8e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  36.18 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  37.45 
 
 		 259 aa  165  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.04 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.39 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 250 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.06 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  34.68 
 
 		 240 aa  142  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.94 
 
 		 244 aa  138  7.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.57 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.62 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 253 aa  128  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.45 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.85 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  31.43 
 
 		 247 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 256 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.8 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  33.33 
 
 		 275 aa  123  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.07 
 
 		 243 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.06 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 262 aa  119  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.17 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  32.17 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  31.48 
 
 		 275 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  32.19 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  32 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 240 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 251 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  35.57 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  32.68 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 317 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  33.99 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  30.28 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 255 aa  111  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.93 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.89 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  30.86 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  29.84 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  33.46 
 
 		 246 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 273 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.71 
 
 		 238 aa  109  5e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.28 
 
 		 236 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 258 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.31 
 
 		 245 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  31.27 
 
 		 268 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  33.86 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  33.46 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.47 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.61 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  29.2 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.65 
 
 		 235 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  33.6 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  33.6 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  33.6 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  33.6 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  33.07 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  30.86 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.08 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  32.68 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  31.08 
 
 		 231 aa  105  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.28 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.06 
 
 		 238 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.32 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  30.11 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 236 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.34 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.45 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.73 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  30.68 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.8 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.98 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  31.56 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.87 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.84 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  28.23 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>