More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1352 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 270 aa  531  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  78.7 
 
 		 277 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  78.34 
 
 		 277 aa  427  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 273 aa  326  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  63.18 
 
 		 273 aa  315  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.86 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  46.76 
 
 		 276 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  51.45 
 
 		 276 aa  215  8e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.57 
 
 		 281 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  48.24 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2262  LytTR family two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 269 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0894174 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 263 aa  201  8e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  42.54 
 
 		 263 aa  198  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  43.02 
 
 		 261 aa  198  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1148  response regulator receiver protein  53.78 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  41.57 
 
 		 279 aa  186  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 243 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  40.23 
 
 		 243 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  38.35 
 
 		 243 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  38.29 
 
 		 253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.83 
 
 		 281 aa  126  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  39.41 
 
 		 261 aa  126  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 276 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.41 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  31.64 
 
 		 273 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  34.59 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  34.96 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  34.59 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.23 
 
 		 275 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  32.84 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.16 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.17 
 
 		 265 aa  119  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  28.99 
 
 		 275 aa  118  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.02 
 
 		 272 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  35.21 
 
 		 248 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  33.58 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  33.83 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.46 
 
 		 248 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  33.47 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.03 
 
 		 260 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 317 aa  115  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  34.2 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  31.32 
 
 		 252 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  31.32 
 
 		 252 aa  112  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.47 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.16 
 
 		 244 aa  112  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.65 
 
 		 245 aa  112  8.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 254 aa  112  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  32.44 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  34.47 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.86 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 250 aa  109  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.41 
 
 		 253 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.13 
 
 		 258 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  29.89 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  31.27 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.94 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  33.07 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.23 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03033  transcriptional regulator protein  52.94 
 
 		 165 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.21 
 
 		 255 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  26.42 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 268 aa  105  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 252 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  106  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 251 aa  105  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  26.42 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.17 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.22 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 239 aa  105  7e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  27.17 
 
 		 243 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 248 aa  105  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  30.49 
 
 		 244 aa  105  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  32.49 
 
 		 257 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.91 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  27.37 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.36 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.11 
 
 		 251 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  31.09 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  27.68 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>