More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1288 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  100 
 
 
244 aa  508  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  99.59 
 
 
244 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  90.61 
 
 
245 aa  465  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  77.96 
 
 
245 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  77.87 
 
 
244 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  76.31 
 
 
249 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  75.1 
 
 
249 aa  387  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  74.18 
 
 
244 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  61.89 
 
 
243 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  61.89 
 
 
243 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  61.48 
 
 
243 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.48 
 
 
243 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  61.48 
 
 
243 aa  318  7e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  61.48 
 
 
243 aa  318  7e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  38.62 
 
 
246 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  38.62 
 
 
246 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  38.62 
 
 
246 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  38.62 
 
 
246 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  38.62 
 
 
246 aa  165  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  37.8 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  38.62 
 
 
246 aa  163  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
240 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  37.8 
 
 
246 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  37.4 
 
 
246 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  38.21 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  33.06 
 
 
249 aa  162  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  36.18 
 
 
246 aa  159  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  34.96 
 
 
247 aa  152  5e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.17 
 
 
251 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 
260 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
247 aa  149  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  35.12 
 
 
250 aa  148  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.56 
 
 
236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32 
 
 
255 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 
265 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  34.29 
 
 
243 aa  143  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  30.2 
 
 
254 aa  142  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 
268 aa  142  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  34.29 
 
 
246 aa  141  8e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 
253 aa  141  9e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  32.79 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 
237 aa  138  6e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  31.3 
 
 
246 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  31.3 
 
 
246 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  34.92 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.15 
 
 
238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  31.03 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  27.05 
 
 
237 aa  129  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 
244 aa  128  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.65 
 
 
251 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  33.6 
 
 
264 aa  126  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 
237 aa  126  3e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  30.61 
 
 
261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.75 
 
 
275 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 
244 aa  125  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.8 
 
 
236 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.49 
 
 
245 aa  123  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  30.04 
 
 
250 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.34 
 
 
257 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.87 
 
 
268 aa  122  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
250 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
253 aa  122  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  30.17 
 
 
249 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.03 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  29.75 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  29.15 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.73 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  29.55 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
254 aa  119  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  29.55 
 
 
269 aa  119  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.34 
 
 
237 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  29.55 
 
 
269 aa  119  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.4 
 
 
239 aa  119  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.35 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.35 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.35 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.35 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.35 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
245 aa  118  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.4 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  32 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.05 
 
 
232 aa  118  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>